针对您提出的“农村土地承包经营合同是否是村书记名下公司盖章”的问题，这实际上涉及到了农村土地承包合同的法律效力及发包主体的问题。以下是我根据相关法律法规及实践，为您提供的详细解答：
一、农村土地承包合同的发包主体
根据《农村土地承包法》及相关规定，农村土地承包合同的发包方通常是村集体经济组织或村民委员会，它们依法享有发包该土地的权利。这意味着，农村土地承包合同的盖章主体应该是村集体经济组织或村民委员会，而不是村书记名下的公司。
二、合同有效的前提条件
主体适格：
- 发包方：如前所述，应为村集体经济组织或村民委员会。
- 承包方：需为本集体经济组织的成员，或符合法律规定的其他主体（如外村人员需经村民会议三分之二以上成员或代表同意，并报乡（镇）人民政府批准）。
意思表示真实：
- 合同双方的签约意愿必须真实、自愿，无欺诈、胁迫等不正当手段。
内容合法合规：
- 合同条款不得违反《农村土地承包法》及相关法律法规的强制性规定。
- 土地用途需符合农业用地规划，不得擅自改变为非农用途。
形式符合要求：
- 土地承包合同应采用书面形式，并由双方签字或盖章。这里的盖章，应是指发包方（村集体经济组织或村民委员会）的盖章，而非村书记名下公司的盖章。
- 合同应明确承包范围、期限、费用等关键条款。
民主议定程序与政府批准：
- 土地承包需经过村民会议或村民代表会议的讨论决定。
- 合同需报经乡、镇人民政府批准。
三、村书记名下公司盖章的法律效力问题
如果农村土地承包合同上盖的是村书记名下公司的章，而非村集体经济组织或村民委员会的章，那么这份合同可能存在以下问题：
- 主体不适格：公司并非农村土地承包合同的法定发包方，因此其盖章行为可能无法代表集体的意志和认可。
- 合同效力存疑：由于主体不适格，合同可能被认定为无效或可撤销，特别是当合同内容存在违法或损害集体利益的情况时。
- 法律风险：承包方可能因此面临法律风险，如土地被收回、合同被解除等。
四、建议
- 确保合同发包方合法：在签订农村土地承包合同时，务必确认发包方为村集体经济组织或村民委员会，并要求其盖章确认。
- 严格履行法定程序：确保土地承包过程经过民主议定程序和政府批准手续，以保障合同的合法性和有效性。
- 寻求法律咨询：在签订合同时，建议咨询专业律师或相关法律机构，以确保合同的合法性和有效性，降低法律风险。
综上所述，农村土地承包经营合同不应由村书记名下公司盖章，而应由村集体经济组织或村民委员会盖章确认。在签订合同时，请务必遵守相关法律法规和程序要求，以确保合同的合法性和有效性。