农村违章院墙适用《城乡规划法》进行处理是合适的，具体分析如下：

1. 《城乡规划法》的适用范围
   《城乡规划法》第二条明确规定，其调整范围包括“城市、镇规划区内的建设活动”以及“乡、村庄规划区内的建设活动”。农村地区属于乡、村庄规划区范畴，因此农村违章建筑（包括院墙）的认定和处理，原则上适用该法。

2. 违章院墙的认定依据
   根据《城乡规划法》第四十一条，在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设，以及农村村民住宅建设，需依法取得乡村建设规划许可证。若院墙建设未取得许可证，或违反规划要求（如占用耕地、影响公共通道、破坏村庄风貌等），即构成违章建筑。

3. 处理程序与法律后果

   • 责令停止建设：根据《城乡规划法》第六十五条，乡镇政府对未取得规划许可或违反规划的农村建设，有权责令停止建设、限期改正。
     
   • 限期拆除：逾期不改正的，乡镇政府可组织拆除，费用由违法者承担。
     
   • 罚款：若院墙建设同时违反《土地管理法》（如非法占用土地），可能面临罚款等处罚。

4. 特殊情形与例外

   • 历史遗留问题：若院墙建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且符合当时政策，可能不认定为违章。
     
   • 合理诉求：若院墙因生产生活必要（如安全、养殖）且未严重违反规划，可通过补办手续或调整规划予以保留。
     
   • 程序合法性：处理过程中需保障当事人陈述、申辩权，强制拆除前应履行催告、公告等程序。

建议：若您面临农村院墙被认定为违章的问题，可先核实建设时间、是否取得许可、是否影响规划等关键事实。如认为处理不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体细节需进一步分析，欢迎随时向我咨询。