结论概述：在民间借贷案件中，判决书确定了起诉之日止的本金和利息后，迟延履行罚息通常只按本金计算，这主要是基于法律对于迟延履行期间债务利息计算方式的明确规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律对于迟延履行期间债务利息的规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。这里的“加倍支付”，通常指的是在原有债务利息的基础上，再增加一倍的利息作为罚息。然而，在计算迟延履行罚息时，法律明确规定是按照本金来计算，而不是按照本金加利息的总和来计算。这是因为，罚息的目的是对被执行人迟延履行行为的一种惩罚，而非对原有债务的再次计息。
二、迟延履行罚息的计算方式
计算基数：迟延履行罚息的计算基数是判决书确定的本金数额，而非本金加利息的总和。
计算期间：从判决书指定的履行期间届满之日起开始计算，直至被执行人实际履行完毕之日止。
计算标准：通常按照中国人民银行同期同类贷款利率的两倍（或法律规定的更高标准）来计算。但具体标准可能因地区、案件性质等因素而有所不同，需参照当地法院的具体执行规定。
三、为何迟延履行罚息不按本金加利息计算
法律明确性：法律对于迟延履行罚息的计算方式有明确规定，即按照本金来计算。这是为了确保法律适用的统一性和明确性。
避免重复计息：如果迟延履行罚息按照本金加利息的总和来计算，那么实际上是对原有债务进行了重复计息，这显然不符合法律对于罚息的设定初衷。
惩罚性质：罚息的主要目的是对被执行人迟延履行行为的一种惩罚，而非对原有债务的补偿。因此，按照本金来计算罚息已经足够体现其惩罚性质。
四、实际操作中的注意事项
仔细阅读判决书：在收到判决书后，应仔细阅读其中关于迟延履行罚息的计算方式和标准，确保自己了解并遵守相关规定。
及时履行义务：为了避免产生迟延履行罚息，被执行人应尽快履行判决书确定的义务。如果确实无法按时履行，应及时与申请执行人协商并寻求解决方案。
咨询专业律师：如果在执行过程中遇到任何问题或疑问，应及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。
五、特殊情况说明
虽然通常情况下迟延履行罚息是按照本金来计算的，但在某些特殊情况下（如双方另有约定、法律另有规定等），罚息的计算方式可能会有所不同。因此，在具体案件中，还需根据实际情况和法律规定来确定罚息的计算方式。
总结与建议：在民间借贷案件中，判决书确定了起诉之日止的本金和利息后，迟延履行罚息通常只按本金计算。这是基于法律对于迟延履行期间债务利息计算方式的明确规定。为了确保自己的权益得到保障，建议被执行人及时履行判决书确定的义务，并在遇到问题时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。