结论：车辆是否会被没收，不能一概而论，这主要取决于车辆的使用性质、是否涉及违法犯罪行为以及具体的法律判定。
分析：
如果车辆仅用于合法运营，但搭载的乘客涉及非法活动（如卖淫嫖娼）：
- 在这种情况下，车辆本身并未直接参与非法活动，而是作为运输工具被使用。如果司机对乘客的非法活动并不知情，或者没有证据证明司机与乘客的非法活动有直接关联，那么车辆通常不会被没收。但是，司机可能会因违反交通运输管理法规或未尽到合理的注意义务而面临行政处罚或民事责任。
- 如果司机明知乘客从事非法活动而仍然提供运输服务，那么司机可能构成共犯或协助犯罪，此时车辆有可能被作为犯罪工具而被没收。
如果车辆被用于专门从事非法活动（如组织卖淫的交通工具）：
- 在这种情况下，车辆被明确用于非法目的，且司机或车主很可能直接参与或知晓非法活动的进行。根据相关法律法规，用于非法活动的财物（包括车辆）是可以被没收的。
- 此外，如果车辆被用于多次或持续性的非法活动，且情节严重，那么车辆被没收的可能性会更大。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。因此，如果车辆被认定为供犯罪所用的财物，那么是有可能被没收的。
- 我建议司机在运营过程中要严格遵守法律法规，不要搭载从事非法活动的乘客。同时，如果发现乘客有非法活动的迹象，应立即向相关部门报告，以避免自己陷入不必要的法律风险。
后续行动建议：
- 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议立即咨询专业律师（即我本人，岳雷律师，专注于交通事故、刑事辩护领域），以便更准确地了解法律后果和应对策略。
- 在处理此类问题时，务必保留好相关证据，如行车记录、乘客信息等，以便在需要时提供证明。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。