连续旷工三天被扣九天工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与劳动报酬保障
根据《中华人民共和国劳动法》和《劳动合同法》等相关法律法规，劳动者的劳动报酬受法律严格保护。用人单位有权根据员工的实际出勤情况支付工资，但不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。具体来说：
- 工资支付原则：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，这是法律的明确规定。用人单位必须遵循这一原则，确保劳动者的劳动报酬得到及时、足额的支付。
- 规章制度合法性：用人单位的规章制度需符合法律规定才具有法律效力。如果规章制度中包含不合理或不合法的条款，如“旷工一天扣三天工资”，在劳动争议仲裁或诉讼中，这些条款可能会被认定无效。
此外，《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
二、旷工与工资扣除的关系
旷工是指员工未经批准或未履行请假手续而未到岗上班的行为。对于旷工行为，用人单位有权不支付其未提供劳动期间的工资，但这并不等同于可以进行惩罚性罚款。
- 合理扣除原则：员工工作一天应获得一天的工资，相应地，缺勤一天，用人单位可以不支付当天的工资。然而，规定旷工三天扣9天工资显然超出了合理范围，构成了对劳动者劳动报酬权益的侵害。
- 经济损失赔偿限制：即使劳动者旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位在要求赔偿时也需遵循法律规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
三、合法扣工资的情形与处理建议
在特定情况下，用人单位可以要求劳动者赔偿因其个人原因造成的经济损失，但必须遵循以下原则：
- 赔偿合法性：赔偿的金额和方式必须合法，不能损害员工的合法权益。用人单位不能随意扩大扣薪的范围和额度。
- 证据支持：赔偿应有明确的证据支持，包括损失的具体金额和计算依据。用人单位需能够充分举证证明劳动者旷工行为给其造成的实际经济损失。
如果劳动者遇到不合理扣工资的情况，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并寻求合理的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，连续旷工三天被扣九天工资的做法违反了相关法律法规，用人单位应严格遵守法律规定，确保员工的合法权益得到充分保障。同时，劳动者也应了解自己的权利，并在遇到问题时采取适当的措施进行维权。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。