关于做笔录超过三个小时会怎么样的问题，这主要取决于具体的情境和法律规定。以下我将结合相关法律和流程，为您详细解答：

首先，我们需要明确的是，笔录的制作时间并不是随意延长的，而是受到法律严格限制的。以公安机关对违反治安管理行为的公民进行传唤和询问为例，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定：

1. 询问查证时间限制：

   • 一般情况下，公安机关传唤后应当及时询问查证，询问查证的时间不得超过八小时。
   • 如果情况复杂，且依照本法规定可能适用行政拘留处罚的，询问查证的时间不得超过二十四小时。

2. 超过时间限制的后果：

   • 如果公安机关或其人民警察超过了上述询问查证的时间限制人身自由，这是违法的行为。
   • 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第一百一十六条，人民警察办理治安案件时，超过询问查证的时间限制人身自由的，将依法给予行政处分；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

3. 笔录制作的合法性和有效性：

   • 笔录的制作必须遵循客观真实、全面细致、程序合规、逻辑清晰的原则。
   • 如果笔录制作过程中存在程序瑕疵或违法行为，如超过法定时间限制，那么这份笔录的合法性和有效性可能会受到质疑，甚至可能在复议或诉讼中被视为无效证据。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在进行笔录制作时，执法人员应严格遵守法律规定的时间限制。
   • 如果确实需要延长询问查证时间，必须依法获得批准，并确保整个过程的合法性和合规性。
   • 对于被询问人来说，他们也有权了解自己的权利和义务，包括询问查证的时间限制等。

综上所述，做笔录超过三个小时（或更长时间）是否合法，主要取决于是否符合法律规定的询问查证时间限制。如果超过了这些限制，那么相关行为可能是违法的，并可能受到法律的制裁。同时，这也可能影响到笔录的合法性和有效性。因此，无论是执法人员还是被询问人，都应该对笔录制作的时间限制有清晰的认识，并确保整个过程的合法性和合规性。