针对您提出的“同居关系两个孩子怎么处理”的问题，这主要涉及到非婚生子女的抚养权和抚养费问题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，非婚生子女与婚生子女享有同等的法律地位和权利。这意味着，无论父母是否结婚，孩子都应得到平等的对待和保护。因此，在处理同居关系中的子女抚养问题时，应遵循这一基本原则。
一、抚养权归属
协商确定：
- 父母双方可以首先尝试通过协商来确定孩子的抚养权归属。这通常是最直接、最和平的解决方式。
- 在协商过程中，双方应充分考虑孩子的利益，包括孩子的生活环境、教育条件、情感需求等。
法院调解或判决：
- 如果协商不成，父母双方可以向法院提起诉讼，请求法院对抚养权进行调解或判决。
- 法院在审理此类案件时，会优先考虑孩子的最佳利益，包括孩子的年龄、性别、健康状况、与父母的情感联系等。
- 根据实际案例，法院可能会根据双方的具体情况，如经济能力、生活环境、教育背景等，来判决抚养权的归属。有时，法院也会判决双方共同抚养孩子，以确保孩子得到充分的关爱和照顾。
二、抚养费负担
协商确定：
- 父母双方可以协商确定抚养费的数额和支付方式。抚养费通常包括孩子的生活费、教育费、医疗费等。
- 协商时，双方应充分考虑各自的经济能力和孩子的实际需求。
法院判决：
- 如果协商不成，法院会根据孩子的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平来确定抚养费的数额。
- 抚养费通常由不直接抚养孩子的一方支付给直接抚养孩子的一方。支付方式可以是定期支付，也可以是一次性支付。
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，抚养费的给付期限一般至子女十八周岁为止。但如果子女十六周岁以上不满十八周岁，以其劳动收入为主要生活来源，并能维持当地一般生活水平的，父母可以停止给付抚养费。
三、实际案例参考
- 在固镇法院的一起案例中，周某和刘某同居期间生育了三个女儿。双方分手后，就子女抚养权问题产生争议。最终，在法院的调解下，双方自愿达成协议：长女和次女由周某抚养，三女由刘某抚养，抚养费各自自理。同时，双方可以探望对方抚养的孩子。
- 在石屏法院的案例中，杨某与高某同居期间生育了孩子小高。双方分手后，就小高的抚养权问题相互推诿。最终，在法院的调解和庭审下，双方自愿达成一致调解意见：孩子由高某自行抚养，杨某每月支付孩子抚养费。
四、建议
优先考虑孩子的利益：
- 在处理同居关系中的子女抚养问题时，父母双方应始终将孩子的利益放在首位。
- 避免将个人情感或经济利益凌驾于孩子的利益之上。
积极沟通协商：
- 父母双方应积极沟通协商，尝试达成共识。
- 如果协商不成，可以寻求第三方调解或向法院提起诉讼。
遵守法律法规：
- 父母双方应遵守相关法律法规，尊重法院的判决或调解结果。
- 按时支付抚养费，确保孩子得到充分的关爱和照顾。
综上所述，同居关系中的子女抚养问题应优先考虑孩子的利益，通过协商或法院调解/判决来确定抚养权和抚养费的负担。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。