结论：分居12年，即使女方不同意离婚，男方起诉离婚，法院在综合考量相关因素后，是有可能判决离婚的。

分析如下：

1. 分居时间与离婚判决的关系：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方因感情不和分居满二年，且经调解无效的，法院应当判决离婚。这是法律明确规定的离婚情形之一。
   • 在您的情况下，分居时间已经长达12年，远远超过了法律规定的二年期限。这通常会被视为夫妻感情确已破裂的重要证据。

2. 女方不同意离婚的影响：

   • 女方不同意离婚并不意味着法院不会判决离婚。法院在判决离婚时，主要考量的是夫妻感情是否确已破裂，以及是否存在其他法定离婚情形。
   • 即使女方不同意离婚，如果男方能够提供充分的证据证明夫妻感情确已破裂，且分居时间已满二年，法院仍有可能判决离婚。

3. 法院判决离婚的综合考量：

   • 法院在判决离婚时，会综合考虑多种因素，包括夫妻双方的婚姻基础、婚后感情、离婚原因、夫妻关系的现状以及有无和好的可能等。
   • 在您的情况下，分居12年很可能被视为夫妻感情确已破裂的重要证据，同时，如果男方能够提供其他相关证据（如通信记录、证人证言等）来支持其主张，将更有利于法院作出离婚判决。

4. 实际操作中的建议：

   • 男方在起诉离婚时，应尽可能收集并提交能够证明夫妻感情确已破裂的证据，如分居期间的通信记录、租房合同、证人证言等。
   • 同时，男方也可以考虑在起诉前与女方进行协商，看是否能够达成离婚协议，以避免不必要的法律纠纷。
   • 如果协商无果，男方应果断向法院提起诉讼，并积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和材料。

后续行动建议：

• 如果您或您身边的人遇到类似情况，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供更详细的法律建议和指导。
• 在准备起诉材料时，务必确保所有证据的真实性和合法性，以免因证据问题影响案件的审理结果。