结论是：分居两年第二次起诉离婚，即使男方不同意，法院也有可能判决离婚，但并非绝对，具体需结合案件实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律规定的角度

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。

这一规定表明，分居满两年是法院判决离婚的一个法定情形。如果夫妻双方因感情不和已经分居满两年，且在第二次起诉离婚时，法院调解无效，那么法院应当判决离婚，即使男方不同意。

二、案件实际情况的角度

虽然法律规定了分居满两年可以判决离婚，但案件实际情况对法院的判决也有重要影响。具体来说，法院在审理离婚案件时，会综合考虑以下因素：

1. 分居的原因：如果分居是因为感情不和，且双方没有和好的可能，那么法院更可能判决离婚。但如果分居是因为工作、学习等原因，且双方感情并未破裂，那么法院可能不会判决离婚。
2. 分居期间的互动：如果分居期间双方没有任何互动，包括经济、生活等方面的联系都已切断，那么法院更可能认为双方感情已经破裂，从而判决离婚。但如果分居期间双方仍有互动，甚至有过共同生活，那么法院可能认为双方感情并未完全破裂，从而不判决离婚。
3. 其他证据：除了分居情况外，法院还会考虑其他证据，如双方的感情状况、婚姻中的过错行为等。如果其他证据也表明双方感情已经破裂，那么法院更可能判决离婚。

三、诉讼策略的角度

在第二次起诉离婚时，采取正确的诉讼策略也非常重要。以下是一些建议：

1. 充分准备证据：收集并整理能够证明双方感情已经破裂的证据，如分居协议、分居期间的通信记录、证人证言等。这些证据将有助于法院了解案件实际情况，从而作出更公正的判决。
2. 强调分居情况：在起诉状中详细阐述双方因感情不和分居的情况，包括分居的时间、原因、分居期间的互动等。这将有助于法院了解分居的实际情况，从而判断双方感情是否已经破裂。
3. 寻求专业帮助：如果可能的话，寻求专业律师的帮助。律师将能够提供更专业的法律建议，帮助制定更合适的诉讼策略，从而提高胜诉的可能性。

最后需要强调的是，每个离婚案件都有其独特性，法院的判决也会因案件实际情况而有所不同。因此，在第二次起诉离婚时，即使男方不同意，也不能保证法院一定会判决离婚。但如果你能够充分准备证据、强调分居情况并寻求专业帮助，那么你将更有可能获得法院的支持。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。