事业单位员工是否有加班工资，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据与事业单位性质
《中华人民共和国劳动法》：
- 该法第四十四条规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日安排工作且不能安排补休、法定休假日安排工作时，应分别支付不低于工资的百分之一百五十、百分之二百、百分之三百的工资报酬。这一规定适用于所有用人单位，包括事业单位，但前提是事业单位员工与单位之间构成劳动关系。
事业单位性质与加班工资：
- 纳入公务员法管理的事业单位：这类单位的工作人员通常不适用《劳动法》或《劳动合同法》，而是适用《公务员法》。根据《公务员法》规定，公务员在法定工作日之外加班的，应给予相应的补休，而非发放加班工资。
- 不参照公务员法管理且实行企业化管理的事业单位：这类单位与员工签订的是劳动合同，完全适用《劳动合同法》和《劳动法》的相关规定。如安排员工加班，必须按照法律规定支付加班工资。
- 其他不参照公务员法管理的事业单位（如医院、学校、科研机构等）：这类单位中既有签订劳动合同的员工，也有签订聘用合同的员工。对于签订劳动合同的员工，如加班，单位需支付加班工资；对于签订聘用合同的员工，是否支付加班工资及具体标准则需根据具体的法律法规、单位内部规定或合同约定来确定。
二、加班工资的计算与发放
计算标准：
- 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬；
- 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的200%的工资报酬；
- 法定休假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。
工资基数的确定：
- 加班费的发放额关键是工资基数。工资基数首先应按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。若劳动合同、集体合同没有约定，职工代表可与用人单位通过工资集体协商确定，并签订工资集体协议。
三、实际操作中的注意事项与建议
了解单位规定：
- 员工应详细了解自己所在单位关于加班工资的具体规定和政策，以便在必要时维护自己的合法权益。不同事业单位可能因性质、管理方式等因素，在加班工资支付上存在差异。
保留相关证据：
- 在加班过程中，员工应妥善保留好加班审批单、考勤记录等相关证据。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用，有助于证明加班事实及加班时长。
合理维权：
- 如果员工认为自己的加班工资权益受到侵害，可以通过合法途径进行维权。首先，可以向单位的人力资源部门反映情况，寻求内部解决；若内部解决无果，可以考虑寻求劳动仲裁或法律诉讼等途径来维护自己的权益。
总结与建议：事业单位员工是否有加班工资，需根据事业单位的具体性质、员工与单位的合同关系以及相关法律法规的规定来确定。员工在面临加班问题时，应首先明确自己的合同关系和单位性质，以便了解自己的权益和应得的待遇。同时，建议事业单位在制定内部规章制度时，应充分考虑员工的合法权益，确保加班工资的支付符合法律法规的要求，以维护和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。