协议公证后是具有法律效力的，但具体效力需视协议内容及公证情况而定。以下从多个角度为你详细分析：
一、公证的法律效力基础
根据《中华人民共和国公证法》第三十六条的规定，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。这意味着，经过公证的协议在法律上具有高度的证明力，除非存在相反的证据，否则法院通常会直接采纳公证书的内容作为认定事实的依据。
二、公证对协议的具体作用
增强协议的真实性：
- 公证机构在办理公证时，会对协议双方的身份、意思表示以及协议内容的真实性进行审查。这种审查机制有助于确保协议的真实性和合法性，防止虚假协议的产生。
提高协议的执行力：
- 经过公证的协议，如果一方不履行或不完全履行协议义务，另一方可以直接向有管辖权的人民法院申请执行，无需再经过诉讼程序（需满足《中华人民共和国公证法》第三十七条规定的条件，即协议以给付为内容且载明债务人愿意接受强制执行承诺）。这大大简化了执行流程，提高了执行效率。
预防纠纷：
- 公证过程本身就是一个对协议内容进行梳理和明确的过程。通过公证，双方可以更加清晰地了解各自的权利和义务，从而有效避免未来可能出现的争议和纠纷。
保护当事人权益：
- 在涉及重大财产分割或复杂法律关系的情况下，公证可以为当事人提供额外的法律保护。例如，在离婚财产分割、继承权确认等案件中，公证过的协议往往能够成为维护当事人合法权益的有力武器。
三、特殊情况下的协议效力
协议内容不合法：
- 虽然公证可以增强协议的法律效力，但协议本身的内容必须合法合规。如果协议内容违反法律法规或公序良俗，即使经过公证，也可能被认定为无效。
意思表示不真实：
- 如果协议当事人在签订协议时受到欺诈、胁迫等，导致其意思表示不真实，虽然协议进行了公证，但受欺诈、胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
公证程序存在严重瑕疵：
- 若公证机构在公证过程中存在严重违反法定程序的情形，可能会影响公证书的效力，进而影响协议效力的认定。
四、实际应用中的建议
确保协议内容合法：
- 在签订协议前，应仔细审查协议内容，确保其符合法律法规的要求，不违背公序良俗。
考虑公证的必要性：
- 如果协议涉及重大财产权益或复杂法律关系，考虑对协议进行公证以增强其证据效力和执行力。
保留相关证据：
- 在办理公证过程中，双方应妥善保管好与协议相关的所有证据材料，以备不时之需。
及时咨询：
- 对于复杂的协议或涉及重大利益的案件，建议在办理公证前或遇到法律问题时直接向我咨询，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，协议公证后是具有法律效力的，但具体效力需视协议内容及公证情况而定。在签订和履行协议过程中，应注重协议内容的合法性和真实性，并考虑公证的必要性以增强协议的证据效力和执行力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。