违规报销横向科研经费的处理方式需根据违规性质、情节严重程度及单位规章制度综合判断，一般分为内部处理和法律追责两种情形，具体分析如下：

1. 内部处理：单位层面的追责

若违规行为尚未达到刑事犯罪或行政处罚标准，单位通常依据内部规章制度（如科研经费管理办法、财务制度等）进行追责，常见措施包括：

• 追回违规报销款项：要求责任人退还已报销的经费，并可能加收利息或滞纳金；
• 行政处分：根据情节轻重给予警告、记过、降级、撤职甚至解聘等处分；
• 限制科研活动：暂停责任人申报科研项目的资格，或限制其使用科研经费的权限；
• 通报批评：在单位内部公开违规行为及处理结果，以儆效尤。

法律依据：
根据《财政违法行为处罚处分条例》第六条，单位若存在虚报、冒领等手段骗取财政资金的行为，可由财政部门责令改正，并追回违规资金；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可处以罚款或行政处分。

2. 法律追责：刑事或行政处罚

若违规行为情节严重，可能触犯刑法或行政法规，需承担法律责任：

• 刑事责任：
  若通过伪造凭证、虚构项目等手段骗取科研经费，且数额较大（通常为6万元以上），可能构成《刑法》第二百六十六条的诈骗罪，面临三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；数额巨大或特别巨大的，刑罚更重。
  若涉及国家工作人员利用职务便利骗取经费，可能构成贪污罪，刑罚更严厉。
• 行政责任：
  若违规行为未达刑事标准，但违反《财政违法行为处罚处分条例》，财政部门可对单位处以罚款，对责任人处以警告、记过直至开除的处分；若涉及税务问题（如虚开发票），还可能面临税务机关的处罚。

关键点：

• 数额认定：刑事立案标准通常为6万元以上，但各地可能存在差异；
  
• 主观故意：需证明责任人存在故意骗取经费的意图，而非过失或疏忽；
  
• 证据固定：单位需保留完整的财务凭证、审批记录等证据，以支持追责或法律程序。

3. 特殊情形：合作方或第三方责任

若违规报销涉及合作方（如企业、其他科研机构）或第三方（如供应商、服务机构），可能需追究其连带责任：

• 合同违约：若合作方通过虚假合同套取经费，可依据《民法典》第五百七十七条追究其违约责任；
  
• 共同犯罪：若第三方与单位人员串通骗取经费，可能构成共同犯罪，需一并追责。

4. 处理建议

• 单位层面：
  
  • 立即启动内部调查，核实违规事实及金额；
    
  • 依据规章制度作出处理决定，并书面通知责任人；
    
  • 若涉及刑事风险，及时向公安机关报案，并配合调查。
• 个人层面：
  
  • 若被指控违规，积极配合调查，提供相关证据（如审批记录、实际支出凭证等）；
    
  • 咨询专业律师，评估行为性质及法律风险，必要时申请听证或行政复议；
    
  • 若已受到处罚，可依法提起行政诉讼或刑事申诉。

总结：违规报销横向科研经费的处理需结合行为性质、金额及后果综合判断，单位应优先通过内部程序追责，情节严重者可能面临刑事或行政处罚。若您或您所在单位涉及此类问题，可直接向我咨询具体应对方案。