在处理农村土地承包给承包商后的赔偿问题时，我们主要依据《中华人民共和国农村土地承包法》《中华人民共和国民法典》以及相关法律法规来明确赔偿方式和标准。以下是对此问题的详细解答：
一、承包地被征收或征用时的赔偿
当国家因公共利益需要征收或征用农村集体土地时，承包商作为土地的实际使用者，有权获得相应的补偿。这些补偿通常包括以下几个方面：
土地补偿费：
- 这是对土地所有权的补偿，一般归农村集体经济组织所有。但在某些地方，集体经济组织会根据一定比例（如70%-80%）分配给承包户或承包商，具体比例可能因地区而异。
- 如果土地承包经营权已经通过流转方式（如转包、出租等）转移给承包商，并且流转合同中有明确约定，那么土地补偿费的分配可能会遵循合同约定。
安置补助费：
- 用于安置因土地被征收而失去土地的农业人口。如果承包商雇佣了当地农民，并且这些农民因土地征收而失去工作，那么安置补助费可能用于支付他们的再就业培训、生活补助等费用。
- 支付方式可能直接发放给被征地农户，或者用于安排就业、社会保障等，具体取决于当地政策和实际情况。
地上附着物及青苗补偿费：
- 包括地上的建筑物、构筑物、树木以及其他设施，以及正在生长的农作物。如果承包商在土地上投入了这些附着物或青苗，他们有权获得相应的补偿。
- 这部分费用的具体数额根据评估结果确定，并直接支付给承包商或相关权利人。
其他损失补偿：
- 在特定情况下，如征地导致承包商遭受停产停业损失、搬迁费用等其他损失，也应给予相应补偿。
二、发包方违约时的赔偿
若发包方（即农村集体经济组织或农户）违反承包合同约定，给承包商造成损失，发包方应承担违约赔偿责任。赔偿依据《民法典》中关于违约责任的规定及土地承包合同条款来确定赔偿范围和金额。赔偿方式可能包括：
- 继续履行合同：若违约行为未导致合同无法履行，承包商可要求发包方继续履行。
- 采取补救措施：对于可弥补的违约情况，发包方应采取补救措施以纠正违约行为。
- 赔偿损失：包括直接损失（如额外支出的费用）和间接损失（如预期收益的减少）。
三、承包地流转后第三方侵权时的赔偿
若承包商将土地流转给第三方使用，而第三方在使用过程中对土地造成损害，承包商有权要求赔偿。赔偿范围涵盖土地恢复原状的费用、农作物减产损失等。赔偿途径包括：
- 协商赔偿：承包商可与第三方协商赔偿事宜，达成赔偿协议。
- 仲裁或诉讼：协商不成时，承包商可通过农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、赔偿程序与注意事项
- 了解当地政策：不同地区的赔偿标准和程序可能有所不同，承包商在承包土地前应详细了解当地的相关政策和法规。
- 签订详细合同：在承包土地时，应与发包方签订详细的承包合同，明确双方的权利和义务，包括赔偿条款。
- 保留相关证据：在土地承包和使用过程中，应保留好相关证据，如土地权属证书、承包合同、投入证明等，以便在需要时证明自己的权益。
- 及时咨询专业人士：在处理赔偿问题时，如遇到复杂情况或争议，应及时咨询专业律师或法律机构，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，农村土地承包给承包商后的赔偿问题涉及多个方面和法律法规。承包商在承包土地前应充分了解相关政策和法规，签订详细的承包合同，并在处理赔偿问题时保留好相关证据，及时咨询专业人士以维护自己的合法权益。