结论：有限责任公司股东超过50人时，采用股权代持的方式并不直接违法，但存在较大的法律风险和合规挑战，需谨慎对待。

法律背景与解释：

1. 股东人数限制：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，有限责任公司的股东人数有上限，通常为50人。这是为了保持公司治理的灵活性和效率，避免股东过多导致的决策困难。

2. 股权代持的合法性：

   • 股权代持，即实际出资人与名义股东之间的协议安排，本身并不直接违反公司法的规定。在代持关系中，实际出资人享有股权的实际权益，而名义股东则作为法律上的股东登记在公司股东名册上。

3. 法律风险与合规挑战：

   • 股东资格确认：在股东人数超过法定限制的情况下，即使通过代持方式安排，也可能面临股东资格确认的法律问题。如果名义股东或实际出资人之间发生纠纷，法院可能会审查代持协议的合法性及有效性，进而影响股东资格的确认。
   • 信息披露与透明度：股权代持可能影响公司的信息披露和透明度，违反证券法等相关法律法规关于信息披露的要求。特别是当公司计划上市或进行其他资本运作时，代持关系可能成为监管审查的重点。
   • 税务与合规成本：股权代持可能增加公司的税务和合规成本。例如，名义股东可能需要就其名下的股权收益缴纳个人所得税，而实际出资人则可能面临双重征税的风险。此外，代持关系还可能涉及反洗钱、反腐败等合规问题。

法律建议：

1. 避免直接突破股东人数限制：

   • 如果公司股东人数已经接近或超过法定限制，建议通过增资扩股、股权转让等方式调整股东结构，避免直接突破股东人数限制。

2. 谨慎选择代持方式：

   • 如果确实需要通过代持方式安排股权，应谨慎选择名义股东，并签订详细的代持协议，明确双方的权利义务、违约责任等。同时，应确保代持协议不违反法律法规的强制性规定，不损害公司、其他股东或债权人的利益。

3. 加强信息披露与合规管理：

   • 公司应加强信息披露和合规管理，确保代持关系不会对公司治理、信息披露和合规运营造成不利影响。特别是当公司计划上市或进行其他资本运作时，应提前规划并妥善处理代持关系。

4. 咨询专业律师：

   • 在处理涉及股权代持的法律问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据公司的具体情况和法律法规的要求，提供针对性的法律建议和解决方案。

可能后果：

• 如果代持关系处理不当，可能引发股东之间的纠纷，影响公司的稳定运营。
• 代持关系可能成为监管审查的重点，导致公司面临合规风险。
• 在极端情况下，如果代持关系被认定为违法或无效，公司可能面临法律制裁和声誉损失。

综上所述，虽然有限责任公司股东超过50人时采用股权代持的方式并不直接违法，但存在较大的法律风险和合规挑战。因此，建议公司在处理此类问题时谨慎对待，并咨询专业律师的意见。