结论：交警开特警的车查货车是否违法，需根据具体情况判断，一般情况下不违法，但需满足特定条件。以下从不同角度进行分析：

1. 车辆使用权限与执法主体

• 交警与特警的职责划分：交警主要负责道路交通管理、查处交通违法行为；特警则承担反恐、处置突发事件等特殊任务。两者职责不同，但车辆使用权限可能存在交叉。
• 车辆调配的合法性：若特警车辆因特殊任务（如跨区域支援、联合执法）临时调配给交警使用，且符合内部车辆管理规定，则交警驾驶特警车辆执法属于合法行为。
• 执法主体资格：交警本身具备查处货车的执法权，无论驾驶何种车辆，只要执法程序合法（如出示证件、说明理由），均不构成违法。

2. 可能违法的情形

• 无授权使用车辆：若交警未经批准擅自驾驶特警车辆，或特警车辆未用于合法任务（如私用、非执法目的），则可能违反车辆管理规定，但不一定直接导致执法行为违法。
• 执法程序瑕疵：即使车辆使用合法，若交警在查处货车时未遵循法定程序（如未出示证件、未告知权利义务），则执法行为可能因程序违法被撤销或确认无效。

3. 实际案例与法律适用

• 联合执法场景：在交通整治专项行动中，交警与特警可能联合执法，此时特警车辆可能用于运输装备或支援，交警驾驶特警车辆查处货车属于合法协作。
• 车辆标识与混淆风险：若特警车辆外观与普通警车差异较大，可能引发公众误解，但法律未禁止交警使用非标车辆执法，只要执法行为本身合法即可。

4. 法律建议

• 对货车司机的建议：若认为交警执法行为违法（如车辆使用不当、程序瑕疵），可要求交警出示执法证件、记录执法过程，并通过行政复议或诉讼途径维权。
• 对执法部门的建议：应规范车辆调配流程，明确交警使用特警车辆的审批权限，避免因车辆使用问题引发争议。

总结：交警开特警的车查货车是否违法，需结合车辆使用权限、执法主体资格、执法程序等因素综合判断。若车辆使用合法且执法程序规范，则不违法；反之，可能因程序瑕疵或车辆使用不当引发争议。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。