结论概述：在被害人配偶已经支付了医药费和丧葬费的情况下，具体处理方式需依据费用支付的性质、双方关系及是否存在相关协议或法律规定来综合判断。以下是从不同角度给出的详细分析。
一、费用支付性质与双方关系
自愿支付且无争议：
- 如果被害人配偶是出于自愿，且双方（或相关方）对此无争议，那么这笔费用通常被视为对被害人的帮助或支持，无需进一步法律处理。配偶作为支付方，不会因此获得额外的法律权益或要求返还。
基于法律义务支付：
- 若被害人配偶支付医药费和丧葬费是基于法律上的义务（如夫妻间的扶养义务，在特定情况下可能包括为配偶支付医疗费用），则这种支付是履行法律责任的表现。在此情况下，除非有特别约定或法律规定，否则支付方通常也不能要求返还。
二、存在相关协议或法律规定
有书面协议：
- 如果双方（或相关方）之间存在书面协议，明确约定了费用的支付、分担或返还等事项，那么应依据协议内容来处理。例如，如果协议规定在特定条件下费用应由某方承担或返还，则应按此执行。
法律规定：
- 在某些特定情况下，法律可能对医药费和丧葬费的支付有明确规定。例如，在工伤保险、医疗保险等社会保障制度下，部分或全部费用可能由保险机构承担。此外，如果被害人因他人侵权导致伤亡，侵权人可能需承担相应的赔偿责任，包括医药费和丧葬费。在此情况下，如果被害人配偶已经支付了这些费用，且侵权人被判定需承担赔偿责任，那么配偶可能有权向侵权人追偿。
三、实际操作建议
沟通协商：
- 在处理此类问题时，首先建议双方（或相关方）进行沟通协商，明确费用的支付性质、目的及后续处理方式。通过友好协商，往往可以达成双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果沟通协商无果，或者问题涉及复杂的法律关系和权益争议，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案，帮助当事人维护自身合法权益。
保留证据：
- 无论采取哪种处理方式，都建议保留好相关证据，如支付凭证、协议文本、沟通记录等。这些证据在后续处理中可能起到关键作用，有助于证明事实真相和维护自身权益。
四、特殊情况考虑
- 如果被害人配偶支付的费用超出了其应承担的范围，或者存在其他特殊情况（如经济困难、无力承担等），可以考虑与相关方协商分担或寻求社会救助等途径来解决问题。
总结与建议：在处理被害人配偶已支付医药费和丧葬费的问题时，应综合考虑费用支付的性质、双方关系、是否存在相关协议或法律规定等因素。建议首先通过沟通协商来解决问题；如果无法达成一致，可以寻求专业律师的法律帮助；同时，保留好相关证据以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。