企业合并时，资质并不一定可以自动合并，这取决于资质的性质以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行详细分析：
资质的性质与分类：
- 行政许可类资质：这类资质通常是由政府主管部门根据企业的申请，经过审查后授予的特定经营或生产许可。例如，建筑行业的施工资质、医疗行业的医疗执业许可等。这类资质往往与企业的特定条件（如人员、设备、场地等）紧密相关，且受到严格的监管。在企业合并时，这类资质通常不能直接合并，而是需要按照相关法律法规的规定，重新进行申请或变更登记。
- 非行政许可类资质：这类资质可能更多地体现为企业的市场声誉、品牌影响力或技术实力等，如ISO认证、高新技术企业认证等。这类资质在企业合并时，可能更容易通过一定的程序或方式（如品牌转让、技术共享等）实现合并或继承。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，企业合并应当依法进行，并办理相应的变更登记手续。对于涉及行政许可类资质的合并，通常需要向原发证机关申请变更或重新申请许可。
- 不同行业、不同地区的法律法规可能对企业合并时资质的合并或继承有不同的规定。因此，在进行企业合并时，必须仔细研究并遵守相关法律法规的规定。
实际操作中的注意事项：
- 尽职调查：在企业合并前，应对目标企业的资质进行全面的尽职调查，了解其资质的性质、有效期、变更条件等，以便为后续的合并工作做好准备。
- 协商与沟通：与原发证机关进行充分的协商与沟通，了解其对资质合并或继承的具体要求和程序，确保合并工作的顺利进行。
- 合同安排：在合并协议中明确约定资质合并或继承的相关条款，包括但不限于资质的变更登记、责任承担等，以避免后续可能出现的纠纷。
可能的法律后果：
- 如果企业合并时未依法办理资质的变更登记手续，可能面临行政处罚的风险，如罚款、吊销资质等。
- 如果因资质问题导致合并后的企业无法正常经营或产生其他损失，相关责任方可能需要承担相应的法律责任。
建议：在企业合并过程中，务必重视资质合并或继承的问题，确保合并工作的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。