转让公司协议扫描件在符合一定条件下具有法律效力，但相较于原件，其证明力可能受到一定影响。以下从不同角度为你详细分析：
法律效力基础
合同成立与生效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同自双方当事人签字或盖章时成立并生效（法律另有规定或当事人另有约定的除外）。因此，只要转让公司协议是双方真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议在双方签字或盖章后即具有法律效力。扫描件作为协议的电子形式，如果能够证明其真实性和完整性，同样可以视为合同的有效组成部分。
电子证据的认可：在司法实践中，电子证据（包括扫描件）逐渐被广泛接受和认可。只要扫描件能够清晰地反映协议的内容，且双方均认可其真实性，那么扫描件就可以作为证据使用。然而，需要注意的是，由于扫描件容易被篡改或伪造，因此其证明力可能受到一定影响。在诉讼或仲裁中，如果一方对扫描件的真实性提出异议，法院或仲裁机构可能会要求提供原件或其他辅助证据来证明扫描件的真实性。
不同情况下的法律效力
双方均认可扫描件：如果转让双方均认可扫描件的真实性和完整性，且没有其他争议，那么扫描件可以作为双方履行协议的依据，具有法律效力。
一方对扫描件提出异议：如果一方对扫描件的真实性或完整性提出异议，那么扫描件的证明力将受到质疑。在这种情况下，法院或仲裁机构可能会要求提供原件或其他辅助证据来证明协议的内容。如果无法提供原件或其他充分证据，那么扫描件可能无法被采纳为证据，从而影响协议的法律效力。
涉及第三方权益：如果转让公司协议涉及第三方权益（如债权人、股东等），那么扫描件的法律效力可能受到更多限制。在这种情况下，为了保护第三方的合法权益，法院或仲裁机构可能会要求提供更加充分的证据来证明协议的真实性和合法性。
法律建议
尽量使用原件：为了避免因扫描件的真实性或完整性问题而引发的纠纷，建议在签订转让公司协议时尽量使用原件，并妥善保管。
完善证据链：如果确实需要使用扫描件作为协议的一部分，建议同时保留其他辅助证据（如电子邮件、短信记录、转账凭证等），以形成完整的证据链，提高扫描件的证明力。
及时咨询专业律师：在涉及公司转让等复杂法律事务时，建议及时咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。
如果你在转让公司协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。