结论：自然人独资企业的注册资本从1,000,000元更改为100,000元是可能的，但需要遵循一定的法律程序和规定。

分析说明：

1. 注册资本变更的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司的注册资本是可以变更的，包括增加或减少。自然人独资企业作为公司的一种形式，同样适用这些规定。

2. 注册资本变更的程序：

   • 股东决定：首先，需要由公司的唯一股东（即自然人独资企业的出资人）作出减少注册资本的决定。
   • 编制资产负债表及财产清单：公司需要编制资产负债表及财产清单，以清晰展示公司的财务状况。
   • 通知债权人并公告：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
   • 办理变更登记：完成上述步骤后，公司需要向工商行政管理部门申请办理注册资本的变更登记手续。

3. 注册资本变更的注意事项：

   • 合法合规性：在变更注册资本的过程中，必须确保所有步骤都符合法律法规的规定，避免出现违法违规行为。
   • 债权人保护：减少注册资本可能会影响到债权人的利益，因此必须按照法定程序通知债权人并保障其权益。
   • 财务影响：减少注册资本可能会对公司的财务状况产生影响，如影响公司的信誉、融资能力等，因此需要谨慎考虑。

4. 实际操作中的建议：

   • 咨询专业人士：在进行注册资本变更之前，建议咨询专业的律师或会计师，以确保变更过程的合法合规性并了解可能产生的财务影响。
   • 准备充分材料：在办理变更登记时，需要准备充分的材料，如股东决定、资产负债表、财产清单、债权人通知及公告等，以确保变更登记的顺利进行。

行动建议：

• 如果您打算将自然人独资企业的注册资本从1,000,000元更改为100,000元，建议您首先咨询专业的律师或会计师，了解具体的法律程序和财务影响。
• 在准备变更登记材料时，请确保所有材料的真实性和完整性，并按照法定程序进行通知和公告。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。