结论：是否由保险公司负责，需根据保险合同的具体条款、事故发生环节以及因果关系等因素综合判断，以下分情况说明：

1. 若保险合同明确约定“全程运输责任”且未排除摆渡环节
   若保险合同中明确承保范围包括“从起运地到目的地的全程公路运输”，且未在免责条款中明确排除“摆渡”等中转环节，则保险公司通常需对摆渡过程中发生的事故承担赔偿责任。例如，货物在摆渡船上因船舶碰撞导致损坏，若能证明损坏与运输过程直接相关，保险公司应赔付。

2. 若保险合同仅承保“公路运输段”且摆渡属独立环节
   若保险合同明确限定承保范围为“公路运输段”（如从仓库到码头的陆路运输），而摆渡属于后续水路运输或独立中转环节，则保险公司可能不承担责任。此时需区分运输阶段：若事故发生在摆渡船上，可能需由水路运输的承运人或其保险公司负责；若事故发生在摆渡前的装卸环节，则可能涉及港口经营人责任。

3. 若事故与初始公路运输存在因果关系
   即使事故发生在摆渡环节，若能证明损坏与初始公路运输中的包装、固定等操作存在因果关系（如货物未固定导致摆渡时倾覆），保险公司仍可能需承担部分责任。此时需结合《民法典》第832条（运输合同中货物毁损责任）及保险合同条款综合判定。

建议行动：

• 立即固定证据：保存事故现场照片、运输单据、保险合同、摆渡环节的交接记录等；
  
• 核查保险条款：重点查看“承保范围”“免责条款”“运输阶段定义”等内容；
  
• 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可依据《保险法》第23条要求其说明理由，或通过诉讼主张权利。
  

如有进一步细节（如保险类型、事故具体原因等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您详细分析。