关于公司月薪制员工的加班费计算问题，核心结论需结合工资基数和加班时长综合判断，具体分以下两种情况说明：

1. 加班工资基数如何确定？

根据《工资支付暂行规定》及地方性法规（如《上海市企业工资支付办法》），加班工资基数原则上以劳动合同约定的工资标准为准，但需满足以下条件：

• 若劳动合同明确约定了“加班工资计算基数”（如月薪5000元中4000元为基本工资，1000元为绩效，但约定加班基数按4000元计算），则按约定执行；
• 若未约定或约定不明，则以劳动者正常出勤的月工资（扣除奖金、津贴等非固定部分）为基数，不得低于当地最低工资标准。

举例：
员工月薪6000元（含500元交通补贴），劳动合同未约定加班基数，则加班基数应为6000-500=5500元（若5500元≥当地最低工资标准）。

2. 不同加班时段的计算标准

加班费需根据工作日、休息日、法定节假日区分计算：

• 工作日加班：每日超过8小时的部分，按不低于工资基数的150%支付；
  公式：加班费=工资基数÷21.75÷8×加班小时数×150%
  
• 休息日加班：若未安排补休，按不低于工资基数的200%支付；
  公式：加班费=工资基数÷21.75×加班天数×200%
  
• 法定节假日加班：无论是否补休，均按不低于工资基数的300%支付；
  公式：加班费=工资基数÷21.75×加班天数×300%
  

举例：
员工月薪5500元，国庆节加班3天且未补休，则加班费=5500÷21.75×3×300%≈2275.86元。

3. 实务中的常见争议点

• 工资基数是否包含年终奖/提成：年终奖、提成等属于非固定收入，通常不计入加班基数，但若劳动合同或规章制度明确约定纳入，则从其约定；
  
• 综合计算工时制：经审批实行综合工时制的员工，在周期内总工时未超标的部分不支付加班费，超出部分按150%支付（法定节假日仍按300%支付）；
  
• 不定时工时制：经审批实行不定时工时的员工（如高管、外勤人员），原则上不支付加班费，但法定节假日加班仍需支付300%工资。

4. 员工维权建议

若公司未按上述标准支付加班费，可采取以下步骤：

1. 保留考勤记录、工资条、加班审批单等证据；
   
2. 与公司协商补发，或向当地劳动监察大队投诉；
   
3. 若协商/投诉无果，可在1年内申请劳动仲裁，主张加班费及50%-100%的赔偿金（依据《劳动合同法》第85条）。

如有具体加班时长、工资结构或公司制度需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为您计算应得加班费金额。