占基本农田三亩属于违法行为，将面临行政处罚甚至刑事处罚，具体处理方式需根据违法情节严重程度判断。以下是详细分析：

1. 行政处罚层面
   根据《土地管理法》第七十五条及《基本农田保护条例》第三十三条，占用基本农田建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或从事其他活动破坏基本农田的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正或治理，恢复原种植条件；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下罚款（耕地开垦费标准通常为每亩1万-3万元，即罚款可能达6万-15万元）。
   关键点：若占用后未造成永久性破坏（如及时复垦），可能以罚款为主，但需承担复垦责任。

2. 刑事处罚层面
   若占用基本农田达到“数量较大”标准（根据《刑法》第三百四十二条及司法解释，非法占用基本农田5亩以上即构成犯罪），可能涉嫌非法占用农用地罪。

• 量刑标准：处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；若导致基本农田5亩以上“严重毁坏”（如硬化地面、挖塘养鱼等导致无法复垦），则量刑更重。
  
• 本案分析：占用3亩未达刑事立案标准，但若存在“多次占用”“拒不整改”“造成严重污染”等情节，可能被认定为“情节严重”而追责。

1. 其他法律后果
   

• 强制拆除：若占用基本农田建设建筑物、构筑物，行政机关可依法强制拆除，恢复土地原状。
  
• 生态修复责任：即使未达刑事标准，仍需承担生态修复费用（如土壤改良、植被恢复等）。
  
• 信用惩戒：违法行为可能被纳入征信系统，影响个人或企业贷款、招投标等。

建议行动：

1. 立即停止违法行为，主动向当地自然资源部门报告并配合调查；
   
2. 委托专业机构评估土地破坏程度，制定复垦方案并尽快实施；
   
3. 若已收到处罚决定，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼；
   
4. 涉及刑事风险的，及时咨询律师准备辩护材料（如证明“不知情”“无主观故意”等）。
   

如有进一步细节（如占用用途、是否已建成、当地政策等），可向我补充说明，我会为您分析具体风险点。