行政协议案件提起诉讼时，案件受理费的收取标准需结合案件性质及诉讼请求综合判断，具体分为以下两种情形：

1. 若行政协议案件涉及财产性内容（如金钱给付、赔偿等），且诉讼请求以财产金额为标的
   根据《诉讼费用交纳办法》第十三条第（一）项规定，案件受理费按照财产类案件标准收取，即根据诉讼请求的金额或价额，按比例分段累计交纳。例如：

   • 标的额≤1万元：每件交纳50元；
     
   • 1万元＜标的额≤10万元：按2.5%交纳；
     
   • 标的额＞10万元部分：按0.5%-1%递减交纳（具体比例以法院规定为准）。
     典型案例：行政机关未履行支付补偿款义务，原告起诉要求支付100万元补偿款及利息，案件受理费按100万元标的额计算。

2. 若行政协议案件不涉及财产性内容（如确认协议效力、履行协议义务、撤销协议等非金钱请求）
   根据《诉讼费用交纳办法》第十三条第（五）项第2目规定，案件受理费按非财产类案件标准收取，每件交纳50元至100元（具体以法院规定为准）。
   典型案例：原告起诉要求确认行政机关单方解除协议的行为违法，或要求行政机关继续履行协议但未主张具体金额，案件受理费按非财产类案件收取。

特殊情形说明：

• 若行政协议案件同时包含财产性请求与非财产性请求（如要求确认协议无效并返还财产），法院可能根据诉讼请求的关联性，对财产部分与非财产部分分别计算费用后合并收取。
  
• 行政协议案件的诉讼费用承担规则与普通行政诉讼一致，即由败诉方承担，但部分胜诉、部分败诉的，法院根据案件具体情况决定各自负担的费用数额。

建议：
行政协议案件的收费标准需结合具体诉讼请求判断，若涉及财产金额计算或案件性质认定存在疑问，可进一步提供协议内容及诉讼请求细节，以便更精准分析。