当单位已发工资但员工有异议时，员工可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与公司进行协商：

   • 员工应首先尝试与公司的人力资源部门或相关管理人员进行协商，明确表达自己对工资发放的异议，并提出具体的理由和依据。
   • 在协商过程中，员工可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条的规定，强调劳动合同中约定的工资条款，要求公司按照约定支付劳动报酬。

2. 保存证据并申请劳动仲裁：

   • 如果协商无果，员工应妥善保存与工资发放相关的所有证据，如劳动合同、工资单、银行流水、降薪通知等。
   • 员工可以向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条和第八十五条的规定，要求公司支付拖欠或未足额支付的劳动报酬，并可能获得相应的经济补偿。

3. 寻求法律援助或提起诉讼：

   • 如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以考虑寻求法律援助或直接向法院提起诉讼。
   • 在这个过程中，员工可以咨询专业律师（如本律师）的意见，根据律师的建议采取相应的法律行动。

4. 法律建议：

   • 员工在采取任何法律行动之前，应充分了解自己的权益和可能的法律后果。
   • 建议员工在协商和仲裁过程中保持冷静和理性，避免采取过激行为。
   • 如果需要法律援助或咨询，员工可以直接向本律师提问，本律师将提供专业的法律支持。

综上所述，当单位已发工资但员工有异议时，员工可以通过与公司协商、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。在处理过程中，员工应妥善保存证据，了解相关法律法规，并咨询专业律师的意见。