结论：运管在国道路中间设卡查非法营运车辆时，若遇到可疑车辆掉头逃跑，一般情况下不建议追车，但具体还需根据现场情况和相关法律法规综合判断。
分析说明：
从执法安全角度考虑：
- 运管人员在执行任务时，首要任务是确保自身和公众的安全。追车行为往往伴随着高速行驶、紧急变道等高风险动作，极易引发交通事故，对运管人员、可疑车辆驾驶员以及其他道路使用者都构成严重威胁。
- 若因追车导致交通事故，运管人员可能面临法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处分甚至刑事责任。
从法律程序角度考虑：
- 运管部门在查处非法营运车辆时，应遵循法定程序，包括但不限于出示执法证件、说明执法依据、制作现场笔录等。追车行为若未遵循法定程序，可能因程序违法而导致执法行为无效。
- 若可疑车辆确实存在非法营运行为，运管部门可通过其他合法手段进行调查取证，如调取监控录像、询问目击者、发布协查通报等，而非必须通过追车来固定证据。
从实际效果角度考虑：
- 追车行为往往难以达到预期效果。可疑车辆驾驶员在逃跑过程中可能采取极端措施，如闯红灯、逆行等，进一步增加事故风险。
- 即使成功追上可疑车辆，也可能因车辆损坏、人员受伤等情况而无法顺利进行后续执法工作。
特殊情况下的处理：
- 若可疑车辆涉及严重违法犯罪行为（如携带危险物品、涉嫌恐怖活动等），且追车是阻止其继续实施违法犯罪行为的唯一手段时，运管人员应在确保安全的前提下，根据现场情况果断采取追车等必要措施。但这种情况极为特殊，且需严格遵循相关法律法规和执法程序。
行动建议：
- 保持冷静，确保安全：运管人员在遇到可疑车辆掉头逃跑时，应首先保持冷静，确保自身和公众的安全。避免盲目追车，防止引发交通事故。
- 记录信息，及时报告：运管人员应尽可能记录可疑车辆的车牌号、车型、颜色等信息，并及时向上级报告。同时，可联系交警部门协助拦截可疑车辆。
- 依法调查，固定证据：运管部门应通过其他合法手段对可疑车辆进行调查取证，如调取监控录像、询问目击者等。确保执法行为合法有效。
后续思考依据：
- 在处理类似情况时，运管部门应充分考虑执法安全、法律程序以及实际效果等多方面因素。避免因一时冲动而采取不当措施，导致不必要的法律风险和后果。
- 若对具体执法行为存在疑问或需要进一步的法律指导，建议及时咨询专业律师或相关法律部门，以确保执法行为的合法性和有效性。
如有任何交通运输领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。