核心结论：农民将自留地用于建小厂属于改变土地用途的行为，存在法律风险，不建议直接签订此类合同。若坚持操作，合同需明确关键条款并严格遵守法定程序，但无法完全规避违法风险。以下从法律风险、合同必备条款、操作建议三个角度展开说明：

一、法律风险：改变土地用途可能涉嫌违法

根据《土地管理法》第四条、第四十四条，我国土地分为农用地、建设用地和未利用地，自留地属于农用地，若要用于建厂（非农业建设），必须依法办理农用地转用审批手续。未经批准擅自改变用途的，可能面临：

1. 行政处罚：由县级以上自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款（罚款标准为耕地开垦费的2倍以下）；
2. 合同无效风险：若双方签订的合同因违反法律强制性规定（如未办理审批手续），可能被法院认定为无效合同，导致双方权益无法保障；
3. 拆除风险：若厂房已建成，可能被责令限期拆除，恢复土地原状，造成经济损失。

二、若坚持操作，合同需明确以下关键条款（但无法规避违法风险）

若双方仍希望签订合同，需在合同中明确以下内容，以尽量减少纠纷，但需注意合同无法对抗法律强制性规定，仍需依法办理审批手续：

1. 土地用途变更条款：明确约定“双方同意将自留地用于建设小厂，但乙方（使用方）需自行办理农用地转用审批手续，若未获批导致合同无法履行，双方互不承担违约责任”；
2. 审批责任条款：约定由哪一方负责办理审批手续，并明确办理期限及违约责任（如逾期未获批，合同自动解除，使用方需恢复土地原状）；
3. 补偿条款：若土地被征收或因违法被拆除，明确补偿款的分配方式（如土地补偿款归农民，厂房补偿款归使用方）；
4. 恢复原状条款：约定合同终止后，使用方需在多少日内拆除厂房、恢复土地原状，否则需支付违约金；
5. 争议解决条款：约定纠纷解决方式（如诉讼或仲裁），并明确管辖法院或仲裁机构。

三、操作建议：依法办理审批手续是唯一合法途径

1. 优先协商调整用途：建议农民与使用方协商，将厂房建在符合规划的建设用地上（如集体经营性建设用地），避免违法风险；
2. 依法办理审批手续：若必须使用自留地，需由使用方或农民向县级自然资源主管部门提出申请，经批准后签订合同，并缴纳相关费用（如耕地开垦费、新增建设用地土地有偿使用费）；
3. 咨询当地部门：不同地区对农用地转用的政策可能存在差异，建议提前咨询当地自然资源局或农业农村局，了解具体审批流程和要求。

总结：农民将自留地用于建厂存在法律风险，合同无法完全规避违法后果。若坚持操作，需依法办理审批手续，并在合同中明确关键条款，但最稳妥的方式仍是调整用途或依法审批。如有进一步疑问，可直接向我咨询。