代持房产有抵押的情况下，一般不能直接确认所有权归代持人所有，房产的所有权确认需综合考虑多方面因素。以下从不同角度为你详细分析：
法律关系层面
- 代持关系本质：房产代持通常是指实际出资人（隐名产权人）与名义产权人（代持人）之间达成的一种内部约定，即由代持人作为名义上的房产所有人，将房产登记在其名下，但实际权益归实际出资人所有。这种代持关系主要约束的是代持双方，对外并不具有绝对的公示效力。
- 抵押关系影响：当房产存在抵押时，抵押权人（如银行等金融机构）基于对房产登记信息的信赖，认为代持人是房产的合法所有权人，从而与代持人设立抵押权。抵押权的设立是一种物权变动行为，具有公示公信力。在这种情况下，仅依据代持关系不能直接否定抵押权的效力，也不能直接确认房产所有权归代持人所有（若实际出资人主张所有权）。因为抵押权人作为善意第三人，其合法权益受法律保护。例如，代持人未经实际出资人同意，将代持房产抵押给银行并获得贷款，银行基于对房产登记的信任发放了贷款，此时银行对该房产享有合法的抵押权。
所有权确认方式层面
- 通过协商确认：如果代持双方以及抵押权人能够就房产的所有权归属达成一致意见，可以通过签订协议的方式明确房产的所有权归实际出资人或代持人所有。但这种协议对内有效，对外不能直接对抗善意第三人。例如，代持双方和抵押权人共同协商，抵押权人同意在特定条件下解除抵押，并确认房产所有权归实际出资人所有，三方签订书面协议。
- 通过诉讼确认：若各方无法协商一致，实际出资人或代持人可以通过诉讼的方式请求法院确认房产的所有权。法院在审理此类案件时，会综合考虑代持协议的效力、实际出资情况、房产的使用管理情况、各方当事人的过错程度等因素，作出公正的判决。但需要注意的是，在诉讼过程中，抵押权人的权益也会得到充分的考虑和保护。如果法院最终确认房产所有权归实际出资人所有，但房产上存在合法的抵押权，实际出资人在行使所有权时可能会受到一定的限制，如需要先清偿抵押债务才能完全行使处分权等。
实际案例参考
在实际案例中，曾有这样的情况：甲出资购买了一套房产，但因某些原因将房产登记在乙的名下，由乙代持。后来乙未经甲同意，将该房产抵押给了银行并获得了贷款。甲得知后，向法院提起诉讼，要求确认房产所有权归自己所有。法院在审理过程中，综合考虑了甲的出资凭证、双方签订的代持协议、房产的实际使用管理情况等因素，最终判决房产所有权归甲所有。但由于房产上存在银行的合法抵押权，甲在行使所有权时需要先清偿银行的贷款，否则银行有权依法行使抵押权。
给你的建议：
- 如果你是实际出资人，要妥善保存好与代持人签订的代持协议、出资凭证等相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的实际权益。
- 如果你是代持人，在未经实际出资人同意的情况下，不要擅自对代持房产进行处分，如抵押、出售等，以免引发不必要的法律纠纷。
- 如果房产存在抵押且涉及代持关系，各方当事人应尽量通过协商的方式解决纠纷，以降低诉讼成本和风险。如果协商不成，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
如果你在房产代持或抵押方面还有其他问题，欢迎随时向我咨询。