结论概述：贪污款项交给纪检与退还本人在性质、法律后果及处理程序上均存在显著区别。以下是对这两者的详细分析：
性质上的区别：
- 交给纪检：将贪污款项交给纪检部门，通常意味着行为人承认了自己的贪污行为，并主动将赃款上交，以表明悔过态度。这种行为在法律上可能被视为自首或立功的表现，具体取决于行为人的主观意图和客观行为。
- 退还本人：这里的“退还本人”可能表述上有些模糊，若理解为将贪污款项退还给原所有者或单位，则实际上是在纠正自己的贪污行为，试图消除贪污的后果。然而，若理解为将款项退还给自己（这显然不合逻辑，因为贪污款项本就属于行为人非法占有），则无实际意义。我们主要讨论前者，即退还给原所有者或单位的情况。这种行为虽然表明了行为人有一定的悔过意识，但与交给纪检相比，其主动性和法律效果可能有所不同。
法律后果的区别：
- 交给纪检：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，主动上交贪污款项可能被视为自首或立功，从而在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。此外，如果行为人能够积极配合调查，如实供述自己的罪行，还可能进一步获得法律的宽宥。
- 退还本人（实际指退还原所有者或单位）：虽然退还贪污款项是纠正错误的行为，但并不直接等同于法律上的自首或立功。如果行为人是在被调查或起诉后才退还款项，那么这种行为可能只能作为量刑时的一个考虑因素，而不足以构成从轻或减轻处罚的充分理由。当然，如果行为人能够主动退还，并在退还过程中表现出真诚的悔过态度，也可能对量刑产生一定影响。
处理程序的区别：
- 交给纪检：一旦行为人将贪污款项交给纪检部门，纪检部门将启动相应的调查程序，对行为人的贪污行为进行全面审查。如果查证属实，将依法将案件移送司法机关处理。在这个过程中，行为人需要配合调查，如实供述自己的罪行。
- 退还本人（实际指退还原所有者或单位）：如果行为人选择将贪污款项退还给原所有者或单位，那么这一行为可能首先由原所有者或单位接收并确认。然而，这并不意味着行为人的贪污行为就此结束。原所有者或单位仍有权向相关部门举报或报案，要求对行为人的贪污行为进行调查和处理。因此，即使行为人退还了款项，也可能面临法律追究的风险。
进一步思考与建议：
- 对于涉嫌贪污的行为人来说，主动上交贪污款项给纪检部门是一个明智的选择。这不仅可以表明自己的悔过态度，还有可能在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。
- 如果行为人已经退还了贪污款项给原所有者或单位，但仍担心可能面临法律追究的风险，建议及时咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能的法律后果，以便采取相应的应对措施。
- 在任何情况下，行为人都应该积极配合相关部门的调查和处理工作，如实供述自己的罪行，以争取法律的宽宥和处理。
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