结论：在职务犯罪受贿罪中，退赃涉及的违纪款、违法款和犯罪所得款（赃款）存在明显区别，主要体现在性质、法律后果及处理方式上。以下从三个角度详细阐述：
1. 违纪款：违反党纪或行政纪律的财物
- 定义：指党员或公职人员违反党纪、行政纪律（如《中国共产党纪律处分条例》《公务员法》）所涉及的财物。例如，违规收受礼品、接受宴请等，但未达到违法或犯罪程度。
- 法律后果：
- 不影响定罪量刑：退缴违纪款通常仅作为纪律处分依据（如警告、记过），不直接影响刑事案件的判决。
- 处理方式：由纪检监察机关调查，款项上缴国库或返还单位，流程独立于刑事诉讼。
- 示例：某公职人员违规接受管理对象赠送的购物卡，价值5000元，未利用职务便利为对方谋利，此款项属于违纪款。
2. 违法款：违反行政法规但未构成犯罪的财物
- 定义：公职人员在履职中违反行政法规（如《行政处罚法》《政府采购法》），但尚未达到刑事犯罪标准的违法行为所获财物。例如，滥用职权导致国家损失，但未达到“数额较大”或“情节严重”的犯罪标准。
- 法律后果：
- 行政处罚为主：可能面临罚款、没收违法所得、行政拘留等，但不会因此被追究刑事责任。
- 与犯罪所得的区别：违法款是“行政违法”的产物，犯罪所得是“刑事犯罪”的产物，二者法律性质截然不同。
- 示例：某公务员在审批项目中违规收取“加急费”2万元，但未为对方谋取不正当利益，此款项属于违法款。
3. 犯罪所得款（赃款）：直接关联犯罪行为的财物
- 定义：通过受贿罪等刑事犯罪行为直接获取的财物，是定罪量刑的核心证据。例如，利用职务便利为他人谋利并收受财物。
- 法律后果：
- 直接影响定罪量刑：犯罪所得的数额、退缴情况是受贿罪量刑的关键因素（如《刑法》第386条）。全额退赃可能成为从轻处罚的情节。
- 处理方式：刑事诉讼中由法院判决追缴，上缴国库或退赔被害人，退缴流程需严格遵循刑事程序。
- 示例：某官员利用职务便利为他人承揽工程，收受贿赂50万元，此款项属于犯罪所得款。
实务建议：退赃时需明确款项性质
- 区分款项来源：要求办案机关出具书面认定，明确违纪款、违法款、犯罪所得款的具体金额及依据。
- 谨慎退缴：
- 无争议案件：可全额退缴以争取从宽处理。
- 有争议案件：需结合证据充分性、量刑情节等综合判断退缴比例，避免盲目退赃导致权益受损。
- 法律程序：退缴犯罪所得款需通过刑事诉讼程序，由法院出具《追缴违法所得通知书》，确保程序合法性。
总结：违纪款、违法款、犯罪所得款在职务犯罪案件中性质迥异，退缴时需严格区分。若对款项性质或退缴流程有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。