农村土地承包合同的网签合同管理归属问题，主要依据合同签订、履行及监管的不同环节，由农业农村部门、市场监管部门及司法部门共同管理。具体分析如下：

1. 农业农村部门的主导管理
   根据《农村土地承包法》及《农村土地经营权流转管理办法》，农业农村部门是农村土地承包合同的核心管理机构。无论是传统纸质合同还是网签合同，其合同备案、流转登记、权属确认等环节均由县级农业农村部门负责。网签合同需通过农业农村部门指定的平台（如全国农村土地承包信息应用平台）完成电子备案，确保合同内容符合法律强制性规定（如承包期限、用途限制等）。

2. 市场监管部门的辅助监管
   若网签合同涉及电子签名、电子合同平台合规性等问题，市场监管部门需依据《电子签名法》及《电子商务法》对平台运营资质、数据安全、消费者权益保护等进行监管。例如，合同平台需取得电子认证服务许可，确保电子签名的法律效力。

3. 司法部门的争议解决
   当合同履行过程中发生纠纷（如违约、权属争议），人民法院或农村土地承包仲裁委员会负责司法裁判或仲裁。网签合同的证据效力需符合《民法典》及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，例如电子数据需通过区块链存证、公证等方式固定。

实务建议：

• 签订网签合同前，务必通过农业农村部门官方平台核实对方主体资格及土地权属；
  
• 优先选择已接入政府监管平台的电子合同服务，避免使用无资质的第三方平台；
  
• 合同中明确约定争议解决方式（仲裁或诉讼）及管辖法院，降低维权成本。
  

如有具体合同条款审查或纠纷处理需求，可直接向我提供合同文本或案件细节，我将进一步分析法律风险。