结论：个人付款买车但款项上公司账户，这一行为是否违法需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
代为支付与合法归属：
- 如果个人只是代公司支付购车款项，且车辆最终登记在公司名下，那么这种行为是合法的。在这种情况下，个人相当于公司的代理人，代为履行支付义务，车辆的所有权归属于公司。
借款或赠与关系：
- 如果个人与公司之间存在明确的借款或赠与协议，且该协议符合法律法规的规定，那么个人将购车款项支付到公司账户也是合法的。例如，个人可能出于对公司发展的支持，选择将资金赠与公司用于购车；或者个人与公司约定，公司未来需要偿还这笔款项。
二、违法情形
逃避税收：
- 如果个人购车后，为了逃避个人所得税或其他税费，而将款项支付到公司账户，并试图通过公司账户进行财务处理以规避税收监管，那么这种行为是违法的。税务机关有权对这种行为进行调查和处罚。
挪用资金或职务侵占：
- 如果个人利用职务之便，将本应属于公司的资金用于个人购车，或者将个人购车款项通过公司账户进行非法转移，以侵占公司财产，那么这种行为构成挪用资金或职务侵占，是严重的违法行为。
违反公司财务管理制度：
- 即使个人购车款项最终用于公司目的，但如果未经公司合法程序审批，擅自将款项支付到公司账户，也可能违反公司的财务管理制度。这种情况下，虽然不一定直接构成违法行为，但可能引发公司内部的纪律处分或民事纠纷。
三、法律建议
明确款项性质与用途：
- 在进行此类交易前，应明确款项的性质（如借款、赠与、代为支付等）和用途（如购车、投资等），并确保双方对此有清晰的认知和书面协议。
遵守税收法规：
- 确保交易过程符合税收法规的要求，避免逃避税收或进行其他违法税务行为。如有需要，可以咨询专业税务顾问或律师。
遵循公司财务管理制度：
- 如果涉及公司账户，应遵循公司的财务管理制度和审批流程，确保交易的合法性和合规性。
保留相关证据：
- 保留与交易相关的所有证据，如转账记录、协议、发票等，以便在需要时证明交易的合法性和真实性。
后续行动建议：如果您或您的公司面临类似情况，且对行为的合法性存在疑问，建议直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议，帮助您规避法律风险。