非婚同居协议双方都签字后，并非必须按手印，但按手印可以增加协议的法律效力和证明力。以下从不同角度为你详细分析：

法律效力层面

1. 签字即具有法律效力：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为可以基于双方的意思表示一致而成立。非婚同居协议作为双方自愿达成的协议，只要双方具备完全民事行为能力，意思表示真实，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么双方签字后，该协议即具有法律效力。

2. 按手印并非必要条件：虽然按手印在传统上被视为一种更为郑重的确认方式，但在法律上，签字本身已经足够表明双方对协议内容的认可和接受。因此，按手印并非非婚同居协议生效的必要条件。

证明力层面

1. 按手印可增强证明力：尽管签字已经具有法律效力，但在实际纠纷中，如果一方对协议的真实性提出异议，那么签字可能面临被伪造或冒签的风险。而按手印则是一种更为难以伪造的确认方式，因为每个人的指纹都是独一无二的。因此，按手印可以增加协议的证明力，使得在纠纷发生时，协议更容易被法院采信。

2. 其他增强证明力的方式：除了按手印外，双方还可以考虑通过公证、见证等方式来增强协议的证明力。公证是由公证机构对协议的真实性、合法性进行证明的一种方式，具有较高的证明力。见证则是由第三方（如律师、亲友等）对协议的签订过程进行见证，并出具见证意见，也可以在一定程度上增强协议的证明力。

实际操作建议

1. 根据具体情况决定是否按手印：如果双方对协议的内容非常确定，且信任对方，那么签字即可，无需按手印。但如果双方对协议的真实性存在疑虑，或者希望在未来可能发生的纠纷中增加协议的证明力，那么可以考虑按手印。

2. 保留好协议原件：无论是否按手印，双方都应该妥善保管好协议的原件。因为原件是证明协议真实性和内容的最直接证据。如果原件丢失或损坏，可能会给双方带来不必要的麻烦和损失。

3. 考虑其他法律保障措施：除了签订非婚同居协议外，双方还可以考虑通过其他法律保障措施来维护自己的权益。例如，可以共同购买房产并明确各自的产权份额；可以设立共同账户并约定资金的使用和管理方式等。

总结来说，非婚同居协议双方都签字后并非必须按手印，但按手印可以增加协议的法律效力和证明力。在实际操作中，双方可以根据具体情况决定是否按手印，并考虑其他法律保障措施来维护自己的权益。如果你还有其他关于非婚同居协议或婚姻家庭方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。