结论：关于入住九十户有六十户主张楼顶上的基站租金是否合法的问题，这主要取决于楼顶的使用权归属以及相关法律法规和合同约定。以下从不同角度进行分析：

1. 楼顶使用权归属：

   • 共有部分：如果楼顶属于全体业主共有部分，那么基站租金的收益应当归全体业主共有，而非仅由主张的六十户业主独享。在此情况下，六十户业主主张全部租金可能缺乏法律依据，除非他们能够证明自己代表了全体业主的利益或者有其他合法依据。
   • 专有部分：如果楼顶被明确划分为某户或某几户业主的专有部分，并且该部分业主与基站运营商签订了租赁合同，那么租金收益应当归该专有部分业主所有。但这种情况在住宅楼中较为罕见，因为楼顶通常被视为共有部分。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于业主的建筑物区分所有权的规定，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。因此，如果楼顶属于共有部分，其收益应归全体业主共有。
   • 另外，如果基站的建设和运营违反了相关法律法规，如未经规划许可、环保审批等，那么业主有权要求停止侵害、排除妨碍，并可能获得相应的赔偿。但这与租金收益的分配是两个不同的问题。

3. 合同约定：

   • 如果业主与基站运营商签订了租赁合同，并且合同中明确约定了租金的分配方式，那么应当按照合同约定执行。如果合同中没有明确约定或者约定不明确，那么应当依据相关法律法规和公平原则进行分配。

4. 建议与行动：

   • 核实楼顶使用权归属：首先，需要核实楼顶的使用权归属，确定其是共有部分还是专有部分。这可以通过查阅购房合同、物业管理规定或相关法律法规来确认。
   • 审查租赁合同：如果楼顶属于共有部分，并且存在基站租赁合同，那么需要审查合同内容，特别是关于租金分配的部分。如果合同中没有明确约定或者约定不明确，可以召开业主大会进行讨论和决定。
   • 寻求法律帮助：如果业主之间对租金分配存在争议，或者认为基站的建设和运营违反了相关法律法规，可以寻求法律帮助，通过法律途径解决争议。

可能后果：如果六十户业主在没有合法依据的情况下主张全部租金，可能会引发其他业主的不满和争议，甚至可能导致法律纠纷。因此，建议业主们在处理此类问题时保持理性和合作态度，通过协商和法律途径解决争议。

进一步思考：在处理此类问题时，还需要考虑基站对业主生活的影响、租金收益的合理使用和管理等问题。例如，可以将租金收益用于公共设施的维护和改善、业主活动的组织等，以提高全体业主的生活质量和幸福感。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。