结论：能否起诉需根据具体情况判断，若存在医疗过错或疫苗质量问题导致损害，可依法维权；若无法证明因果关系，则起诉可能难以成立。以下从不同角度详细分析：

一、从医疗损害责任角度分析

1. 医疗过错认定：

   • 若小男孩接种脑炎疫苗后仍患脑炎，需首先审查接种过程是否存在医疗过错。例如，疫苗是否过期、接种方式是否正确、接种后是否进行了必要的观察和护理等。
   • 若医疗机构或接种人员在接种过程中存在过错，且该过错与小男孩患脑炎之间存在因果关系，则医疗机构或接种人员可能需承担医疗损害责任。

2. 举证责任：

   • 根据《民法典》及相关司法解释，患者（或其法定代理人）需承担初步的举证责任，证明医疗机构或接种人员存在过错，且该过错与损害后果之间存在因果关系。
   • 若患者无法提供充分证据，则可能面临败诉风险。因此，在起诉前，建议收集相关医疗记录、疫苗接种证明等证据材料。

二、从疫苗质量问题角度分析

1. 疫苗质量标准：

   • 若怀疑疫苗存在质量问题，需审查疫苗是否符合国家相关质量标准。例如，疫苗的生产、储存、运输等环节是否符合规定。
   • 若疫苗确实存在质量问题，且该质量问题与小男孩患脑炎之间存在因果关系，则疫苗生产商或销售商可能需承担产品质量责任。

2. 投诉与鉴定：

   • 在怀疑疫苗质量问题时，可向当地药品监督管理部门投诉，并申请对疫苗进行质量鉴定。
   • 若鉴定结果显示疫苗存在质量问题，则可为后续的维权行动提供有力证据。

三、从因果关系角度分析

1. 因果关系认定：

   • 无论从医疗损害责任还是疫苗质量问题角度分析，均需证明接种行为（或疫苗质量问题）与小男孩患脑炎之间存在因果关系。
   • 因果关系认定可能涉及复杂的医学和法律问题，需要专业机构或专家进行鉴定和评估。

2. 难以证明的情况：

   • 若无法证明接种行为（或疫苗质量问题）与小男孩患脑炎之间存在因果关系，则起诉可能难以成立。
   • 例如，若小男孩患脑炎是由其他未知因素引起，或与接种行为无直接关联，则医疗机构或接种人员、疫苗生产商或销售商可能无需承担责任。

四、法律建议

1. 收集证据：

   • 在考虑起诉前，建议收集相关医疗记录、疫苗接种证明、药品监督管理部门投诉记录等证据材料。
   • 若可能，还可寻求专业机构或专家对因果关系进行鉴定和评估。

2. 咨询专业律师：

   • 由于此类案件涉及复杂的医学和法律问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
   • 律师可根据案件具体情况，分析起诉的可行性和风险，并协助制定维权策略。

3. 考虑其他途径：

   • 若起诉难度较大或成本较高，还可考虑通过协商、调解等其他途径解决纠纷。
   • 例如，可与医疗机构或接种人员、疫苗生产商或销售商进行协商，寻求合理的赔偿方案。