结论：年报时总营业额为1万元，纳税总额也为1万元，这一情况在数据真实、准确且符合相关法律法规的前提下是合法的，但具体是否合法还需结合实际情况和税法规定进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性判断依据

1. 真实性原则：

   • 年报中的营业额和纳税额数据必须真实、准确地反映企业的实际经营状况。如果企业的实际营业额确实为1万元，且按照税法规定计算出的纳税额也为1万元，那么这一数据是合法的。

2. 税法规定：

   • 纳税额的计算需遵循相关税法规定，如增值税、所得税等税种的计算方法和税率。企业应根据自身的经营情况和税法规定，正确计算应纳税额。

二、可能的情况分析

1. 营业额与纳税额匹配的情况：

   • 如果企业的营业额确实很低，且享受了某些税收优惠政策（如小微企业税收优惠），或者其经营业务本身税率较低，那么纳税额与营业额相近甚至相等是有可能的。

2. 营业额与纳税额不匹配的情况：

   • 如果企业的营业额为1万元，但纳税额却异常高，这可能引发税务部门的关注。税务部门可能会怀疑企业是否存在虚报营业额以少缴税款，或者存在其他税务违规行为。
   • 反之，如果纳税额远低于按营业额计算的应纳税额，也可能被视为税务违规。

三、法律风险与注意事项

1. 行政处罚：

   • 根据《企业信息公示暂行条例》等相关规定，企业应如实公示年度报告信息。如果隐瞒真实情况、弄虚作假，将被列入经营异常名录，并通过企业信用信息公示系统向社会公示。

2. 信用受损：

   • 被列入经营异常名录会影响企业的信用，进而影响其后续的贷款、招投标、合作等经营活动。

3. 税务风险：

   • 虚假填报营业额和纳税额可能导致少缴税款，一旦被税务部门发现，除了需要补缴税款外，还可能面临滞纳金和罚款等处罚。

四、建议与措施

1. 确保数据真实准确：

   • 企业应严格按照实际经营情况填报年报数据，确保数据的真实性和准确性。

2. 了解并遵守税法规定：

   • 企业应了解并遵守相关税法规定，正确计算应纳税额，避免税务违规行为。

3. 咨询专业税务顾问：

   • 如果企业对税法规定或年报填报有疑问，建议咨询专业税务顾问或相关机构以获取准确的指导。

总结：年报时总营业额为1万元，纳税总额也为1万元，在数据真实、准确且符合相关法律法规的前提下是合法的。但企业应严格遵守税法规定，确保年报数据的真实性和准确性，避免因不当操作而带来的法律风险和经济损失。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询。