农村集体河道承包后填土的处理需分情况讨论，核心结论如下：
若填土行为未经合法审批，属于违法行为
根据《中华人民共和国水法》第三十七条、第六十六条，禁止擅自填堵、占用河道或改变河道自然流向。若承包方未经水行政主管部门及农村集体组织批准，擅自填土改变河道形态，可能面临以下后果：
- 行政处罚：由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为，限期恢复原状或采取其他补救措施，并可处一万元以上十万元以下罚款；
- 民事赔偿：若填土导致河道行洪能力下降、周边农田或房屋受损，需对其他集体成员或第三方承担赔偿责任；
- 合同解除：农村集体组织有权依据《民法典》第五百六十三条，以“承包方违约”为由解除承包合同，并要求恢复河道原状。
若填土行为经合法审批，需严格按审批内容执行
若承包方因农业生产（如修建临时堤坝、整理滩地）或公共利益（如河道整治工程）需填土，需满足以下条件：
- 审批流程：需经农村集体组织成员大会或成员代表会议同意，并报县级水行政主管部门批准，明确填土范围、高度、用途及恢复期限；
- 补偿与恢复：若填土影响其他成员权益（如灌溉、排水），需提前协商补偿方案；合同期满或工程结束后，必须按审批要求恢复河道原状，否则集体组织可自行恢复并追偿费用；
- 用途限制：填土后土地用途需符合承包合同约定，不得擅自改变为建设用地或其他非农业用途，否则可能涉及非法占地，需承担《土地管理法》第七十七条规定的法律责任。
特殊情形：填土用于防洪或公共利益工程
若填土行为属于政府主导的防洪工程、河道整治项目，需由县级以上人民政府组织实施，承包方仅作为施工方配合。此时需注意：
- 程序合法性：工程需经水利部门规划审批，并公示补偿方案；
- 补偿标准：若占用承包范围，需按《土地管理法》第四十八条给予合理补偿，包括土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿费。
建议行动步骤：
- 立即停止填土行为（若未审批）；
- 核查承包合同中关于河道使用的条款；
- 联系当地水行政主管部门及农村集体组织，确认是否需补办审批或调整方案；
- 保留填土前的河道照片、审批文件等证据，以备争议时使用。
若有进一步细节（如填土目的、是否已审批、集体组织态度等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的分析。