河道内存在合法耕地，需根据具体情况采取不同的处理方式，核心原则是既要保障河道行洪安全，又要依法保护耕地权益。具体处理方式如下：

1. 若耕地位于河道管理范围内但未影响行洪安全
   根据《中华人民共和国河道管理条例》第二十一条，河道管理范围内的土地，应优先保障河道行洪功能。若耕地虽在河道管理范围内（如堤防之间、护堤地外等），但经水利部门评估不影响行洪安全，且符合土地利用总体规划，可维持现状使用，但需遵守以下限制：

   • 禁止种植高杆作物（如玉米、高粱等）或搭建阻碍行洪的设施；
     
   • 需接受水利部门的定期检查，确保不因耕作行为导致河道淤积或堤防损坏；
     
   • 若涉及土地权属争议，需通过土地管理部门确权程序明确权属。

2. 若耕地影响河道行洪安全或需实施防洪工程
   根据《防洪法》第二十二条，河道管理范围内的阻水障碍物，由防汛指挥机构责令限期清除。若耕地被认定为阻碍行洪的障碍物，处理方式包括：

   • 补偿后清退：由政府组织清退，并对耕地使用者给予合理补偿（包括土地补偿费、安置补助费等），补偿标准参照《土地管理法》第四十八条；
     
   • 调整用地：若耕地使用者符合条件，可申请将耕地调整为其他合法用地（如通过土地整治项目置换同等面积耕地）；
     
   • 特殊情形保留：若耕地属于历史形成且无替代用地，需经省级水利部门批准，并采取工程措施（如修筑护岸、疏浚河道）消除对行洪的影响。

3. 若耕地涉及生态保护红线或自然保护区
   根据《自然保护区条例》第三十二条，自然保护区核心区、缓冲区内禁止开垦耕地。若耕地位于此类区域，需无条件退出，并由政府组织生态修复。补偿标准可参照《生态保护补偿条例》相关规定。

建议行动步骤：

1. 联系当地水利部门，确认耕地是否位于河道管理范围内及具体位置；
   
2. 申请水利部门对耕地是否影响行洪安全进行评估；
   
3. 若涉及清退或补偿，可要求政府出具书面处理方案，并核对补偿标准是否合法；
   
4. 对处理结果有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律程序或补偿计算细节。