结论：夫妻独立财产协议签署后，一方破产是否会清算另一方的财产，需根据协议的具体内容、财产性质及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 夫妻独立财产协议的法律效力

• 协议性质：夫妻独立财产协议（或称“财产约定”）是双方对婚姻关系存续期间所得财产及婚前财产归属的书面约定，具有法律约束力（《民法典》第1065条）。
• 对外效力：协议仅对夫妻双方有效，原则上不能对抗第三人（如债权人）。若债权人不知情，仍可能就夫妻共同财产主张权利。

2. 破产清算的范围

• 破产财产定义：根据《企业破产法》及相关规定，破产财产是债务人所有或应由其管理的财产，包括婚姻关系存续期间所得的共同财产中属于债务人的份额。
• 独立财产协议的影响：
  • 若协议明确财产归属：如协议约定某财产归一方所有，且能证明该财产与债务人无关（如婚前财产、个人专用生活用品等），则通常不纳入破产清算。
  • 若财产混同或难以证明归属：即使有协议，若财产与债务人存在混同（如共同经营收入、共同投资等），可能仍被认定为破产财产。

3. 特殊情形分析

• 一方个人债务：若破产系因一方个人债务导致，另一方的独立财产（如婚前房产、个人存款等）原则上不受影响，但需满足以下条件：
  • 财产权属清晰，无争议；
  • 未用于共同生活或共同经营；
  • 无转移财产逃避债务的嫌疑。
• 共同债务：若债务为夫妻共同债务，即使有独立财产协议，另一方的财产仍可能被强制执行以清偿债务。

4. 实务建议

• 完善协议内容：在协议中明确财产范围、权属及管理方式，必要时进行公证或律师见证，增强证据效力。
• 财产隔离措施：通过银行账户分开、产权登记独立等方式，避免财产混同。
• 及时告知债权人：若涉及大额财产或可能引发纠纷，可主动告知债权人财产归属情况，减少后续争议。
• 破产程序中的应对：若一方已进入破产程序，另一方应积极配合管理人审查，提供协议及相关证据，主张财产独立性。

5. 法律风险提示

• 协议无效情形：若协议存在欺诈、胁迫、恶意串通损害第三人利益等情形，可能被认定无效，导致财产被清算。
• 撤销权风险：若债务人无偿转让财产或以明显不合理价格转让财产，影响债权人债权实现，债权人可请求法院撤销相关行为（《民法典》第538-539条）。

总结：夫妻独立财产协议能否在破产中保护另一方财产，取决于协议效力、财产性质及是否涉及共同债务。建议提前规划财产归属，并在协议中明确细节，必要时咨询专业律师以规避风险。如有具体案件或财产情况，可进一步向我咨询。