在破产清算程序中，股东的承包经营款原则上属于破产财产，需依法进行分配；若存在特殊约定或法定优先情形，则可能优先受偿或排除在破产财产外。具体分析如下：

1. 承包经营款作为破产财产的分配
   根据《企业破产法》第30条，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，均为破产财产。若股东的承包经营款系债务人（破产企业）对外承包经营产生的收益（如租金、管理费等），或股东以债务人名义对外承包经营形成的债权，则该款项属于破产财产范围。在破产清算程序中，管理人需依法追收该款项，并按照《企业破产法》第113条规定的清偿顺序分配：

   • 优先清偿破产费用和共益债务；
     
   • 剩余财产按职工债权、税款债权、普通债权的顺序分配；
     
   • 若股东同时为债务人股东，其普通债权与其他债权人平等受偿，无优先权。

2. 承包经营款可能排除在破产财产外的情形

   • 合同相对性原则：若承包经营合同系股东个人与第三方签订，且债务人未作为合同主体或未实际参与经营，则该款项可能属于股东个人财产，不纳入破产财产。例如，股东以个人名义承包第三方资产，收益归股东个人所有。
     
   • 破产撤销权限制：若债务人在破产申请受理前6个月内，通过个别清偿、无偿转让等方式将承包经营款转移给股东，管理人可依据《企业破产法》第31-32条行使撤销权，追回款项纳入破产财产；但若交易符合正常经营或公平对价原则，则可能不被撤销。
     
   • 法定优先权：若承包经营款涉及特定财产（如承包经营的土地、设备等），且该财产上设有抵押权等优先权，则优先权人可就该款项优先受偿，剩余部分再纳入破产财产分配。

3. 股东承包经营权的特殊处理
   若股东本身系债务人的承包经营方（如通过内部承包协议取得经营权），其承包经营款可能涉及以下问题：

   • 承包协议效力：若承包协议在破产申请受理前已终止，股东需向管理人申报债权；若协议未终止，管理人可决定继续履行或解除协议。若继续履行，股东需按约支付承包费，该费用作为共益债务优先清偿；若解除协议，股东可就已投入的损失申报普通债权。
     
   • 股东责任边界：若股东在承包经营期间存在滥用权利、损害债务人利益的行为（如挪用资金、低价转让资产等），管理人可依据《公司法》第20条追究股东赔偿责任，相关赔偿款纳入破产财产。

建议：若您是股东或债权人，需结合承包经营合同的具体条款、款项性质及破产程序进展，进一步分析款项归属及清偿顺序。如有争议，可提供合同文本、付款凭证等材料，以便更精准地评估法律风险。