员工申请破产清算时，股东的钱原则上不会直接用于清偿员工债权，但股东可能因特定情形承担补充赔偿责任或连带责任。具体分析如下：
股东有限责任原则下的基本处理
根据《公司法》第三条，股东以其出资额为限对公司承担责任。若公司进入破产清算程序，股东已足额缴纳出资的，其个人财产与公司债务隔离，员工债权仅能通过公司剩余资产按法定顺序受偿（如《企业破产法》第一百一十三条规定的职工工资、社保等优先清偿顺序）。此时股东无需额外承担清偿责任。
股东可能承担责任的例外情形
- 出资不实或抽逃出资：若股东未履行或未全面履行出资义务，或通过虚构债权债务、关联交易等方式抽逃出资，管理人有权依据《企业破产法》第三十五条追回出资，用于清偿债务。员工可要求股东在未出资范围内承担补充赔偿责任。
- 人格混同：若股东与公司财产、业务、人员混同（如“一套人马两块牌子”），导致公司丧失独立法人资格，法院可能适用《公司法》第二十条“法人人格否认”制度，判令股东对公司债务承担连带责任。此时员工债权可直接向股东追偿。
- 清算义务人责任：若股东作为清算义务人（如董事、控股股东）未依法履行清算义务（如未及时启动清算、恶意处置财产），导致公司财产贬值或无法清算，员工可依据《公司法司法解释二》第十八条要求股东对债务承担赔偿责任或连带清偿责任。
实务建议
- 员工角度：若怀疑股东存在上述违法行为，应及时向管理人申报债权并提交证据（如出资证明、财务混同证据等），推动管理人追责；必要时可提起衍生诉讼，直接起诉股东。
- 股东角度：若公司已资不抵债，应主动配合清算，避免因消极履职被追责；同时核查自身出资是否到位，防止被管理人或债权人追偿。
提示：破产清算中股东责任认定需结合具体证据和司法实践，建议根据案件细节进一步分析。若有具体情形需要探讨，可直接向我咨询。