鉴定住院期间治疗合理性的鉴定费，最终由谁承担需根据案件具体情况及法院判决来确定，无法一概而论。以下从不同角度进行分析：
一般原则：
- 在医疗纠纷案件中，鉴定费通常被视为诉讼费用的一部分。根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。因此，如果经过鉴定，医院的治疗行为被认定为不合理或存在过错，导致患者损害，那么鉴定费很可能由医院（被告）承担。
- 反之，如果鉴定结果显示医院的治疗行为是合理的，没有过错，那么鉴定费可能由患者（原告）自行承担。
特殊情况：
- 双方协商：在诉讼过程中，双方当事人也可以就鉴定费的承担进行协商，并达成一致意见。如果协商成功，那么鉴定费的承担将按照双方协商的结果来执行。
- 法院酌情判决：在某些情况下，法院可能会根据案件的具体情况，如双方的经济状况、过错程度等，酌情判决鉴定费的承担。例如，如果医院虽然治疗行为合理，但存在某些管理上的疏忽或不足，法院可能会判决医院承担部分鉴定费。
实际操作建议：
- 保留相关证据：无论是患者还是医院，在涉及鉴定费承担的问题上，都应保留好相关的证据，如鉴定报告、医疗记录、费用清单等，以便在诉讼过程中证明自己的主张。
- 及时咨询专业律师：由于医疗纠纷案件涉及复杂的法律问题和医学知识，因此建议当事人在涉及鉴定费承担的问题上及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：鉴定住院期间治疗合理性的鉴定费承担问题，需根据案件具体情况及法院判决来确定。在处理此类问题时，建议当事人保留好相关证据，并及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。如果你有具体的医疗纠纷案件或相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。