针对您提出的“只有购房合同的小产权法院怎么判”这一问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂问题，需要结合具体情形来分析。以下是我为您详细梳理的解答：
一、核心法律依据
《土地管理法》的禁止性规定：
- 农村集体土地不得非法转让用于非农业建设，这是小产权房交易无效的主要法律基础。小产权房往往因违反此规定而被认定为无效交易。
《民法典》的合同效力条款：
- 违反法律强制性规定的合同无效。若小产权房所占用的土地为集体土地，且未获得合法审批，那么其买卖合同通常会被认定为无效。
政策导向：
- 国家明确禁止小产权房通过不动产登记合法化，司法实践也普遍不支持此类交易。
二、常见裁判类型与标准
合同无效情形：
- 主体资格不符：非本集体经济组织成员购买农村宅基地或集体土地上的房屋，因违反土地用途管制原则，合同无效。例如，城镇居民购买农村自建房。
- 未履行法定程序：未取得规划许可、施工许可等审批手续，或未经集体经济组织三分之二以上成员同意的出售行为，合同无效。
- 以合法形式掩盖非法目的：通过“长期租赁”、“合作开发”等名义变相买卖小产权房，实质规避土地管理法规的，合同无效。
特殊有效情形：
- 同村村民内部流转：同一集体经济组织成员间符合“一户一宅”原则的房屋买卖，若经村委会备案且无其他违法情形，可能被认定为有效。
责任承担规则：
- 返还财产与折价补偿：合同无效后，卖方应退还购房款，买方返还房屋。若房屋已拆迁或增值，法院可能根据过错比例判决部分补偿。
- 损失赔偿范围：仅支持实际损失，如装修费、交易税费等，不支持预期利益，如房价上涨收益。
三、实务建议
购房者风险防范：
- 在购买小产权房前，务必核查土地性质（是集体土地还是国有土地）、规划许可证、建设审批文件等。
- 要求卖方提供集体经济组织同意出售的证明，以降低交易风险。
争议解决路径：
- 若合同被认定为无效，购房者可以主张缔约过失责任，要求赔偿信赖利益损失，如中介费、评估费等。
- 若遇拆迁，购房者可以基于占有事实主张补偿款分配，但需证明实际居住和投入。
四、具体案例分析
- 城镇居民购买农村小产权房被判无效：例如，北京某城镇居民与村民签订房屋买卖合同，支付购房款后，法院以违反《土地管理法》为由确认合同无效，判令卖方返还购房款并支付同期贷款利息，买方腾退房屋。
- 同村村民交易获支持：例如，浙江某村两户村民签订房屋买卖协议并完成交付，法院认为交易符合“一户一宅”政策且经村集体认可，合同有效。
五、未来趋势与政策影响
- 国家整治力度加强：自然资源部多次强调严控小产权房新增，存量问题也在逐步清理中。
- 司法裁判尺度统一：最高法院通过发布指导性案例等方式，强化对合同无效规则的适用一致性。
综上所述，只有购房合同的小产权房在法院的判决中，往往因违反相关法律法规而被认定为无效交易。购房者在购买前应充分了解相关法律法规和政策导向，谨慎决策，以降低交易风险。若已发生纠纷，建议及时咨询专业律师，寻求合法有效的解决途径。