结论：建房合同纠纷三年后并非绝对不能起诉，但需注意诉讼时效问题，若超过诉讼时效且对方提出抗辩，可能会面临败诉风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、诉讼时效期间及其中断、中止情形
根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于建房合同纠纷，这一原则同样适用。
一般诉讼时效期间：
- 若从知道或应当知道权利被侵害之日起未超过三年，则处于诉讼时效期间内，可以正常起诉并依法获得法院支持。
诉讼时效中断：
- 根据《民法典》第一百九十五条，诉讼时效可因以下情形中断，并重新计算：
- 权利人向义务人提出履行请求；
- 义务人同意履行义务；
- 权利人提起诉讼或申请仲裁；
- 其他与诉讼或仲裁具有同等效力的情形。
- 例如，在建房合同中，若承包人在三年内多次向发包人书面催讨工程款，则诉讼时效会中断，并从最后一次催讨之日起重新计算三年。
诉讼时效中止：
- 依据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力等法定事由导致权利人无法行使请求权，诉讼时效将中止，待障碍消除后继续计算剩余时间（自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满）。
- 例如，若在建房合同纠纷的最后六个月内发生地震导致法院无法正常办公，诉讼时效将中止，待地震影响消除后继续计算剩余时间。
二、超过诉讼时效的法律后果
- 若自权利人知道或应当知道权利受损之日起已超过三年，且不存在诉讼时效中断、中止的法定事由，虽然仍可向法院起诉，但根据《民法典》第一百九十二条，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
- 在这种情况下，如果对方以诉讼时效届满为由进行抗辩，并且法院经审查确认抗辩事由成立，原告的诉讼请求将被驳回，即其主张的权利将无法得到法院的强制保护。不过，诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
三、建房合同的特殊规定
- 对于建房合同中约定的分期履行债务，诉讼时效期间应自最后一期履行期限届满之日起计算。这意味着，如果合同规定了多个支付阶段，诉讼时效将从最后一个支付阶段到期时开始计算。
四、实际操作建议
及时主张权利：
- 在发现权益受损时，应及时向对方提出履行请求或采取其他法律行动，以中断诉讼时效。
保留证据：
- 保留所有与合同履行、权利主张相关的证据，如书面催讨记录、邮件、短信、通话录音等，以证明诉讼时效的中断或中止。
咨询专业律师：
- 鉴于诉讼时效对建房合同纠纷的重要性，建议在发现权益受损时及时向我咨询，以便采取必要的法律行动保护自己的权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
- 《中华人民共和国民法典》第一百九十二条
- 《中华人民共和国民法典》第一百九十四条
- 《中华人民共和国民法典》第一百九十五条
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