结论：在公司尚未注册的情况下，乙方（承租方）在租赁商铺时，可以通过明确合同主体、约定特殊条款、要求担保或承诺等方式来保障自身权益。以下是具体分析和建议：

1. 明确合同主体与责任：

   • 尽管公司尚未注册，但乙方可以与实际负责租赁事宜的自然人（如未来公司的法定代表人或主要负责人）签订租赁合同。在合同中，应明确该自然人的身份信息，并约定其代表未来公司签订合同的意图和责任。
   • 合同中可以约定，一旦公司注册成立，该自然人应立即将合同权利义务转让给新注册的公司，并确保新公司承认并继续履行原合同。

2. 约定特殊条款以应对不确定性：

   • 注册期限条款：在合同中约定一个合理的公司注册期限，如果超过该期限公司仍未注册成功，乙方有权解除合同或要求赔偿损失。
   • 违约责任条款：明确如果因公司未注册导致合同无法履行或产生纠纷，违约方应承担的具体违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
   • 保证金或押金条款：要求出租方或实际签订合同的自然人提供一定数额的保证金或押金，作为合同履行的担保。

3. 要求担保或承诺：

   • 如果可能，乙方可以要求出租方或实际签订合同的自然人提供第三方担保，如个人担保或第三方公司担保，以增加合同履行的保障。
   • 出租方或实际签订合同的自然人可以出具书面承诺，承诺在公司未注册成功的情况下，将承担乙方因合同无法履行而产生的所有损失。

4. 合同形式与备案：

   • 尽管公司未注册，但租赁合同仍应采用书面形式，并尽量确保合同内容完整、明确，以减少未来可能出现的纠纷。
   • 如果当地法律要求租赁合同备案，乙方应了解并遵守相关规定，尽管公司未注册可能给备案带来一定困难，但应尽力与出租方协商解决。

5. 后续跟进与调整：

   • 在公司注册过程中，乙方应保持与出租方或实际签订合同的自然人的沟通，及时了解公司注册进展。
   • 如果公司注册情况发生变化（如注册失败、注册信息变更等），乙方应及时与出租方协商调整合同内容或采取其他必要措施。

行动建议：

• 在签订租赁合同前，乙方应充分了解出租方或实际签订合同的自然人的信用状况和履约能力。
• 乙方可以咨询专业律师（即我本人），对合同条款进行审查和修改，以确保合同内容合法、有效且符合乙方利益。
• 在合同履行过程中，乙方应保留好相关证据（如租金支付凭证、沟通记录等），以备不时之需。