针对“停产整顿的矿井验收不合格怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
当矿井在停产整顿后验收不合格时，相关部门会依据法律法规采取一系列行政处罚措施。这些措施旨在确保矿井的安全生产条件得到切实改善，防止安全事故的发生。
一、行政处罚流程
立案责任：
- 煤炭管理部门或应急管理局在发现矿井验收不合格后，会进行审查，并决定是否立案。这一步骤是确保处罚的合法性和针对性。
调查责任：
- 立案后，相关部门会指定专人负责，及时组织调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并确保与当事人有直接利害关系的执法人员回避，以保证调查的公正性。
审查责任：
- 调查结束后，相关部门会审查案件调查报告，对案件的违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。
告知责任：
- 在作出行政处罚决定前，相关部门会制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。如果符合听证规定，还会制作《行政处罚听证告知书》。
决定责任：
- 相关部门会制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。对于重大行政处罚，还会依照相关规定进行集体讨论。
送达责任：
- 行政处罚决定书会按照法定方式送达当事人，确保其知悉处罚内容。
执行责任：
- 依照生效的行政处罚决定书，相关部门会监督当事人履行处罚决定，如责令停止生产、罚款等。
二、具体处罚措施
- 根据《煤矿重大安全生产隐患排查治理报告和监管监察办法》及相关法律法规，对于验收不合格的矿井，相关部门可能会责令其继续停产整顿，并处以罚款。
- 如果矿井拒不停止生产或停而不整、明停暗采，相关部门可能会提请县级以上人民政府决定由有关主管部门吊销其采矿许可证和营业执照，以强制其停止非法生产活动。
三、后续监管与整改
- 在处罚的同时，相关部门会加强对矿井的后续监管，确保其按照要求进行整改，直至达到安全生产条件。
- 矿井在整改期间应积极配合相关部门的监管工作，及时报告整改进展情况，并在整改完成后重新申请验收。
四、法律责任与追责
- 如果相关部门在处罚过程中存在违法行为或玩忽职守等行为，将依法追究相关责任人员的法律责任。
- 矿井及其负责人也应认识到安全生产的重要性，严格遵守相关法律法规和安全生产规定，确保矿井的安全生产。
综上所述，当矿井在停产整顿后验收不合格时，相关部门会依据法律法规采取一系列行政处罚措施，并加强后续监管与整改工作。矿井及其负责人应积极配合相关部门的监管工作，确保矿井的安全生产条件得到切实改善。