结论：车子两次超员被拘留三天，一般情况下不会留下案底，但会留下违法记录。具体是否构成犯罪并留下案底，需根据超员行为的严重程度及是否触犯刑法来判断。

分析说明：

1. 行政拘留与案底的区别：

   • 行政拘留：是对违反治安管理行为的一种处罚，属于行政处罚范畴。行政拘留的期限通常较短，且不会留下案底，但会留下违法记录，这些记录在公安机关内部是可以查询到的，但一般不对外公开，也不会影响个人的正常生活和工作，除非在特定情况下（如再次违法或犯罪时作为量刑参考）。
   • 案底：通常指的是犯罪记录，即因犯罪行为被法院判处刑罚后留下的记录。案底是公开的，且会对个人的社会信用、就业、出国等方面产生较大影响。

2. 超员行为的法律性质：

   • 超员行为一般属于违反道路交通安全法规的行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，超员驾驶可能会面临罚款、扣分、暂扣驾驶证等行政处罚。
   • 如果超员行为严重到构成危险驾驶罪（如严重超员导致车辆失控、发生交通事故等），则可能触犯刑法，面临刑事处罚，包括拘役、有期徒刑等，并留下案底。

3. 两次超员被拘留三天的情况：

   • 从描述来看，两次超员被拘留三天，更可能是行政拘留而非刑事拘留。这表明超员行为虽然违法，但尚未达到构成犯罪的程度。
   • 因此，这种情况下一般不会留下案底，但会留下违法记录。这些记录在公安机关内部是可以查询到的，但通常不会对个人产生长期的不良影响。

特殊场景：

• 如果超员行为在两次拘留期间或之后被认定为构成危险驾驶罪或其他犯罪行为，那么将面临刑事处罚，并留下案底。
• 另外，如果超员行为导致严重后果（如重大交通事故、人员伤亡等），即使最初只是行政拘留，后续也可能因情节严重而升级为刑事处罚。

建议与行动：

• 遵守交通法规：为了避免不必要的法律风险和麻烦，建议严格遵守道路交通安全法规，不超员驾驶。
• 了解法律后果：在驾驶前了解相关法律法规和可能面临的法律后果，做到心中有数。
• 及时咨询：如果对超员行为的法律性质或可能面临的处罚有疑问，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。