在交通事故导致一人死亡且肇事者负主要责任的案件中，关于您提出的“有谅解书不起诉是否会有案底”的问题，我需要从多个方面为您详细解答。

首先，谅解书的作用：谅解书是受害方对肇事者表示谅解的一种书面文件，它可以在量刑时被视为一个从轻情节。然而，谅解书并不直接决定检察院是否起诉肇事者。检察院在决定是否起诉时，会依据我国《刑事诉讼法》的相关规定，全面考量案件的犯罪情节、后果、社会危害性等因素。

其次，检察院的决策依据与不起诉的可能性：

• 检察院在决定是否起诉时，会严格审查案件事实和证据，评估肇事者的行为是否构成犯罪，以及犯罪的严重程度。
• 即使肇事者获得了谅解书，但如果其行为情节严重，社会危害性大，检察院仍可能会提起公诉。
• 只有在肇事者的行为情节显著轻微、危害不大，或存在其他法定不起诉的情形（如犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚等）时，检察院才有可能作出不起诉决定。但这种情况在交通事故致人死亡的案件中相对较少见。

接下来，关于案底的问题：

• 如果检察院决定提起公诉，并且法院最终判决肇事者有罪，那么肇事者将会有刑事案底。
• 如果检察院决定不起诉，或者法院判决肇事者无罪，那么肇事者通常不会有刑事案底。但需要注意的是，即使检察院不起诉，肇事者的交通违法行为仍可能面临交通管理部门的行政处罚，如吊销机动车驾驶证等，这些行政处罚记录虽然不属于刑事案底，但也会对肇事者的生活产生一定影响。

最后，建议与指导：

• 对于肇事者而言，即使获得了谅解书，也应积极配合司法机关的调查和处理，尽力减轻犯罪情节和社会危害性。
• 肇事者及其律师可以通过积极赔偿、与受害方达成和解协议等方式来争取更好的法律结果，并在向检察院提交相关申请时详细陈述理由和事实。
• 受害者家属应了解自身的民事权利，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。

综上所述，交通事故致人死亡且肇事者负主要责任的案件中，谅解书虽有一定作用，但并不能确保检察院不起诉。肇事者和受害者家属都应充分了解相关法律程序和自身权利义务，以便做出正确的法律决策。