结论：车贷没还清时借用大本（车辆登记证书）收取400元手续费是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 手续费性质与合同约定

• 若手续费为合同明确约定：若您与贷款机构或相关方在贷款合同中明确约定了“借用大本需支付手续费”，且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》关于格式条款的公平性要求），则收取手续费具有合同依据，400元是否合理需结合合同约定及市场行情判断。
• 若合同未约定：若合同未提及手续费，贷款机构或相关方单方要求支付，可能涉嫌违反《消费者权益保护法》中“公平交易”原则，您有权拒绝支付或要求说明收费依据。

2. 手续费合理性判断

• 市场行情参考：400元手续费是否合理，可参考当地同类服务（如车辆解押、登记证书借用）的市场价格。若明显高于市场平均水平，可能存在不合理收费。
• 服务内容匹配：手续费应与提供的服务内容匹配。若仅是“借用大本”这一简单行为，未涉及额外服务（如加急办理、代办手续等），400元可能偏高；若包含运输、保管等增值服务，则需具体评估。

3. 潜在法律风险

• 违规收费风险：若贷款机构或相关方无合法依据收取手续费，可能涉嫌违反《价格法》中“明码标价”和“禁止不正当价格行为”的规定，您可向当地市场监管部门投诉。
• 合同纠纷风险：若您拒绝支付手续费，贷款机构可能以“违约”为由拒绝提供大本或采取其他措施。此时需结合合同条款判断对方主张是否成立，必要时可通过法律途径解决。

4. 建议行动

• 核查合同：首先检查贷款合同是否约定手续费，若未约定，可要求对方出具收费依据或拒绝支付。
• 协商沟通：与贷款机构协商，明确手续费性质、金额及服务内容，争取合理收费或免除。
• 投诉举报：若认为收费不合理且协商无果，可向当地市场监管部门或银保监会投诉，维护自身权益。
• 法律途径：若因手续费问题产生纠纷，可咨询专业律师，通过诉讼或仲裁解决。

总结：车贷未还清时借用大本收取手续费是否合理，需结合合同约定、市场行情及服务内容综合判断。建议您先核查合同条款，与贷款机构协商，必要时通过投诉或法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。