结论：合同纠纷案件已入档6年，仍然可以进行调解。
分析说明：
调解的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，调解是解决民事纠纷的一种重要方式，它贯穿于民事诉讼的始终，包括诉前调解、诉中调解以及执行阶段的和解等。法律并未对调解的时间节点作出限制性规定，因此，即使合同纠纷案件已经入档多年，只要双方当事人愿意，仍然可以通过调解的方式解决纠纷。
调解的实践操作：
- 在实际操作中，调解可以由法院主持，也可以由双方当事人自行协商并达成调解协议。如果案件已经入档，但双方仍有调解意愿，可以向法院提出申请，由法院根据案件情况决定是否进行调解。法院在调解过程中，会遵循自愿、合法、公正的原则，促使双方当事人达成调解协议。
- 此外，即使案件已经入档多年，双方当事人也可以选择通过其他非诉讼方式解决纠纷，如仲裁、人民调解等。这些方式同样具有灵活性和高效性，有助于快速解决纠纷。
调解的注意事项：
- 在进行调解时，双方当事人应充分了解自己的权利和义务，以及调解协议的法律效力。调解协议一旦达成并经法院确认，即具有强制执行力，双方必须履行。
- 如果调解不成或者调解协议无法履行，双方当事人仍然可以通过诉讼等法律途径解决纠纷。但需要注意的是，诉讼程序可能相对复杂且耗时较长，因此，在决定是否进行诉讼前，应充分考虑各种因素。
行动建议：
- 如果您希望对已入档6年的合同纠纷案件进行调解，建议首先与对方当事人进行沟通，了解对方的调解意愿和条件。
- 如果双方均有调解意愿，可以向法院提出调解申请，或者选择其他非诉讼方式解决纠纷。
- 在调解过程中，务必保持冷静和理性，充分表达自己的诉求和意见，同时尊重对方的权益和利益。
- 如果调解成功，应认真履行调解协议；如果调解不成或者调解协议无法履行，应及时考虑通过其他法律途径解决纠纷。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。