公司使用文件加密软件本身并不违法，但具体是否合法需视使用目的、方式及是否符合相关法律法规而定。以下从不同角度为你详细分析：
合法使用场景：
- 保护商业秘密：公司为了保护自身的商业秘密、技术秘密或客户信息等敏感数据，使用文件加密软件进行加密处理，这是合法且常见的做法。只要加密行为不违反法律法规，且加密后的数据不被用于非法目的，就属于合法使用。
- 合规要求：在某些行业或领域，如金融、医疗等，法律法规可能要求公司对特定类型的数据进行加密处理。在这种情况下，公司使用文件加密软件是履行合规义务的表现，也是合法的。
可能违法的场景：
- 非法获取或传播加密数据：如果公司使用文件加密软件是为了非法获取、传播或利用他人的加密数据，如通过破解加密软件来窃取商业秘密或个人隐私信息，那么这种行为就是违法的。
- 违反数据保护法规：在使用文件加密软件时，如果公司未按照相关法律法规的要求对数据进行妥善保管，如未采取必要的安全措施导致数据泄露，或者未按照规定对加密数据进行备份和恢复等，也可能构成违法。
- 滥用加密技术：公司不得利用加密技术从事危害国家安全、社会公共利益或他人合法权益的活动。例如，使用加密软件进行非法通信、传播恶意软件或进行其他违法犯罪活动，都是不被允许的。
法律建议：
- 明确使用目的：公司在使用文件加密软件前，应明确使用目的，并确保该目的符合法律法规的要求。
- 选择合规软件：选择经过合法认证、符合相关标准的文件加密软件，避免使用来源不明或存在安全隐患的软件。
- 完善内部管理：建立健全的数据加密管理制度，明确加密数据的存储、传输、使用等环节的规范和要求，确保加密行为合法合规。
- 加强员工培训：对员工进行数据加密和保密意识的培训，提高员工对数据保护重要性的认识，避免因员工疏忽或故意行为导致数据泄露或违法使用。
可能面临的法律后果：如果公司使用文件加密软件的行为违反了相关法律法规，可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等法律后果。因此，公司在使用文件加密软件时，务必谨慎行事，确保合法合规。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。